高通量测序在物学应用.pptVIP

新兴业 高通量测序技术 在生物学中的应用  新兴业 主要报告内容 高通量测序简介 从头测序及其应用 重测序及其应用 转录组测序及其应用 Small rna测序及其应用  tiee:人类基因组从头测序分析 nature Initial sequencing and analysis of the human genome Intemational Human Genome Sequencing consortium HGP项目:20世纪90年代美国能源部 HEErrhCE shctonssq-scng 资助启动人类基因组计划,六个国家 tenor DN 的科学家耗资4.37亿,于2000年完成 人类基因组工作草图。 mn小 方法和结果:应用分层 shotgun+ Sanger 测序法,结果预测了31,000个基因, iC ta be 证明基因组的95%是非编码序列。 意义:人类基因组测序的完成标志着322-2-2 分子医学时代的到来;此项目也催生 一”品 G-GC7CC-)CTG 了高通量测序技术。 Nature(2001)409:860-921 分层的 shotgun测序法  新兴业 Sanger测序技术 PCR末端终止技术+电泳检测技术 单个片段序列测定 最高通量:小于4MB/天 基于平板胶的测序技术 96通道毛细管阵列  高通量测序技术 新兴业 Shot gun文库构建 DNA片段固定 单条模板扩增 序列组装和比较 图像获得和处理 簇序列读取反应 TTTT  通量测序技术 新兴业 TGcsAATT TGCTACGAT °。。 TTTTTTTGT∴  主要测序技术平台 新兴业 Gb Pros Biological ong- reads 日 scene and i Titanium anions; fast lymer 少=30c o4,9 trendy D. Murry. GA solid-ph 二mm, Savable 50 7,345 wc-base tone rr orient discover D. Murry. provides Least Users are Edws Frog only Real-time 964 A N/A Hethe s五 urner chemistries aplotypo block Metzker, Nature Reviews Genetics(2010)11: 31  新兴业 主要报告内容 高通量测序简介 从头测序及其应用 重测序及其应用 转录组测序及其应用 Sma!RNA测序及其应用  PLOS BIOL多种技水平台联合应用完成火鸡基因组从头测序 少新兴业 uIlti-Platform Next-Generation Sequencing of the Domestic Turkey (Meleagris gallopavo): Genome Assembly and Analysis 454技术完成5倍测序深度; GAI技术完成20倍测序深度 Sanger技术完成6倍覆盖度 Dalloul et al. PLoS Biol (2010)8: e 1000475) Number of Reads MIllion Average Usable Read Length Ibp] 454 Roche data 測序数据统计  新兴业 火鸡基因组从头测序 结果:覆盖火鸡基因组90%(0.92/1.1Gb),发现6M SNP,预测16K个基因。 Turkey 2.01 Chicken 2.1 Number of scaffolds 1 Kb 26,917 32,76 Number of contigs 1 Kb 9,612 Scaffolded sequence (excluding gaps) 931 Mb 1,047 Mb Largest scaffold 9 Mb N50 scaffold size N50 contig size 12,594b 36,000b argest contig 90K Cost of sequencing 火鸡和家鸡測序拼接结果