linux下Gaussian安装与运行.docxVIP

Linux版高斯03的安装方法 安装g03有以下几步：例如我要安装到 /home/xiaoyuan 下 用如下命令解压 tar -zxvf file name 2、解压得到g03文件夹后，cd进入g03文件然后进入其 bsd文件夹，运行./install 3、修改你用户路径下的.bashrc文件，比如你的用户名为 xiaoyua n ，贝U vi /home/xiaoyua n/.bashrc 在最后的test -s ~/.alias . ~/.alias || true 下面添加以下几行： g03root=/home/xiaoyua n/Gaussia n GAUSS_SCRDIR=/home/xiaoyua n/Gaussia n/g03/scratch export g03root GAUSS_SCRDIR .$g03root/g03/bsd/file 其中第一行为高斯安装目录，第二行为高斯临时文件夹目录。 保存修改（按 Esc建回到一般模式（左下角插入标志消失），然后打入：wq回车进行保存）退岀.bashrc 。 然后运行 source /home/xiaoyuan/.bashrc 女口不提示错误就好了。 注：若要在进去 bashrc修改，则按下Esc,然后按A键就可以编辑了 . 在/home/xiaoyuan/Gaussian/g03/ 下建立 scratch 文件夹。 可以放个小分子的 ch4.gjf 文件到scratch 里面，然后cd到scratch 这个目录，运行命令 g03 ch4.gjf 运行，正常运行说明安装成功 下面是我用的，你把你的改成相应的路径。 1 ）建立一个gauss.sh 文件如下。 #! /bi n/sh g03root=/cluster3/gaussian GAUSS_SCRDIR=. export g03root GAUSS_SCRDIR #LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/cluster3/gaussian/g03 if [ -z ${LD_LIBRARY_PATH} ] then LD_LIBRARY_PATH=/cluster3/gaussian/g03; export LD_LIBRARY_PATH else LD_LIBRARY_PATH=/cluster3/gaussian/g03:${LD_LIBRARY_PATH}; export LD_LIBRARY_PATH fi source $g03root/g03/bsd/fil 2) 然后在 ~/.bash_profile 文件中 source 这个文件 source gauss.sh 2 编辑 .bashrc 文件。 用一个文本编辑器打开你的 home 下的 .bashrc 文件， ubuntu 下的 vi ，不好用，新手不推荐用，我有一 个 .vimrc 文件，如果你不知道怎么对这个文件修改，可以直接用我的附件里的 .vimrc 覆盖你 home 下的文件， 你的 vi 会非常好用，言归正传，在你的 .bashrc 文件最后加上这么几行 ########################################################### ####### # for Gaussian.03.C02 G03ROOT=/home/userid/g03 GAUSS_EXEDIR=$G03ROOT GAUSS_SCRDIR=/tmp/userid/g03 LD_LIBRARY_PATH=$G03ROOT/:$LD_LIBRARY_PATH PATH=$G03ROOT/:$PATH export G03ROOT GAUSS_EXEDIR GAUSS_SCRDIR LD_LIBRARY_PATH PATH ########################################################### ####### 带下划线加粗的地方要根据自己情况修改。 3重启bash，当然不需要让你的机器重启。输入 bash，或是再打开一个窗口就可以了。 :dos2u nix4 win 下生成的*.gjf 文件因为格式问题不能直接使用，需要用 dos2unix :dos2u nix *gjf 5运行g03有两种方式。 g03 foo.gjf ，会生成一个 foo.log 文件 g03 foo.gjf ，会把输岀放到屏幕上，可以用输岀重定向。 g03 foo.gjf foo.log 有地方说linux 下g03的输入文件后缀名为.com，没有不要，linux下文件不区分后缀名。 6有时会有这样的问题，开机后 /tmp/userid/g03 文件夹消失了，需要手