小麦高通量STARP标记的开发和验证.pdfVIP

摘 要 培育优质高产、高抗广适性品种是我国小麦育种的重要目标，也是满足人们不断增长粮食需 求的重要保证，分子标记是提高小麦育种效率的重要手段。随着分子生物学和测序技术的快速发 展，基因特异性功能标记应运而生，它是小麦品种改良的理想工具。开发高通量、低成本的功能 标记对小麦品种改良具有重要意义。本研究利用基因测序技术建立了一套实用的高通量、低成本 的小麦STARP （Semi-thermal asymmetric reverse PCR ）标记检测体系；根据已克隆基因不同等位 基因序列间的SNP 或InDel ，开发了56 个基因特异性STARP 标记，并利用已知基因型的40 份 小麦品种对STARP 标记与相应的STS 或CAPS 标记进行比较，验证了STARP 标记的准确性；同 时使用STARP 标记检测了305 份小麦品种（系）和3 个重组自交系 （Recombinant inbred line， RIL ）群体，进一步对STARP 标记的可靠性进行了验证。主要结果如下： （1）已克隆基因的不同等位基因间特异性SNP 或InDel 的获取 根据已克隆基因的序列信息设计PCR 引物，对已知基因型的小麦品种进行PCR 扩增，通过 对PCR 产物测序，获得46 个目标区段内的基因特异性SNP 或InDel 。 （2 ）基于多态性SNP 或InDel 构建了小麦STARP 标记检测体系 根据SNP 或InDel 在品种间的多态性，设计基因特异性STARP 标记，通过多次试验对检测 体系进行调整优化，获得与测序结果一致的STARP 标记荧光分型，建立小麦STARP 标记检测方法。 （3 ）小麦品质、产量、抗性和适应性相关基因特异性STARP 标记的开发 利用已获得的小麦品质、产量、抗性和适应性相关基因的多态性SNP 或InDel ，结合建立的 STARP 标记检测方法，开发了 56 个小麦基因特异性 STARP 标记，包括 30 个与小麦 PPO （Polyphenol oxidase ）活性、黄色素含量（Yellow pigment content, YPC ）、籽粒硬度、面筋强度等 品质性状相关的基因特异性STARP 标记，7 个小麦抗穗发芽、抗锈病等抗性基因STARP 标记， 19 个小麦粒重、株高、春化等产量和适应性相关性状的STARP 标记。 （4 ）基因特异性STARP 标记的应用 利用开发的基因特异性 STARP 标记及已报道的相应基因的 STS 或 CAPS 标记同时检测 40 份已知基因型的小麦品种，结果显示，STARP 标记与相应 STS 或CAPS 标记的检测结果一致性 达95% 以上。同时，利用这56 个基因特异性STARP 标记检测305 份国内外小麦品种 （系）及3 个来自洋小麦/ 中优9507、藁城8901/周麦16 和周8425B/中国春的RIL 群体，并结合表型数据分 析各位点等位基因的效应。结果显示，在305 份小麦品种（系）及藁城8901/周麦16 RIL 群体中， Ppo-A1b 表现较低的多酚氧化酶活性 （P ＜0.05 ），Psy-D1g 和Zds-A1b 表现较高的黄色素含量 （P ＜0.05 ），Pina-D1b 、Pinb-D1b 和Pinb-B2b 基因型表现较高的籽粒硬度 （P ＜0.05 ），携带Ax2* 、 Dx5+Dy10 亚基的品种表现较高的面筋强度 （P ＜0.05 ）；在 305 份小麦品种（系）中，Ppo-D 1a 表现较低的PPO 活性（P ＜0.05 ），Psy-A1a 、Psy-B1c 基因型表现较高的YPC （P ＜0.05 ），TaLcy-A1a 、 TaLcy-B1a 和Pds-B1a 基因型表现较高的面粉黄度（b*值）（P ＜0.05），Pod-A1b 表现较高的过氧 化物酶 （Peroxidase ，POD ）活性 （P ＜0.05 ）；在洋小麦/ 中优9507 的RIL 群体中，TaSdr-B1b、 TaVP-B 1a 、CS-type 基因型表现较低的穗发芽指数（Germination index，GI ）（P ＜0.05 ）；在 305 份小麦品种（系）中，TaTPP-6AL1、TaCWI-2A 、TaGS-D1 、TaGS2-A1 、TaGS2-B1 、TaMOC1-A1 、