鸭疫里默氏杆菌利福平耐药株RA-WH9基因组及其质粒分析.pdfVIP

摘 要 鸭疫里默氏杆菌 （Riemerellaanatipestife，RA）是一种可引起鸭、鹅、鸡、火鸡等禽类急性 或慢性败血症的黄杆菌科革兰氏阴性菌。该菌对水禽的感染在世界范围内均有报道，并由于其可 造成家禽较高死亡率、低饲料转化率从而给家鸭养殖业造成严重的经济损失，由于RA 血清型众 多，彼此之间无交叉保护，因此，现阶段抗生素仍是防控RA 的主要手段。 利福平是对细菌性病原体最有效的广谱抗生素之一，目前主要用于治疗结核、麻风、结核性 脑膜炎等疾病，此外也被用于许多兽医临床药物组方中。本研究从患病家鸭组织器官中分离纯化 出一株鸭疫里默氏杆菌 （命名为RA-WH9），K-B 药敏纸片法结果表明，该分离株对头孢唑肟、 氯霉素、氟苯尼考、多西环素、红霉素和林可霉素敏感，对恩诺沙星、大观霉素和四环素中度敏 感，对链霉素、多粘菌素B、氨苄西林、新霉素、青霉素、诺氟沙星以及利福平耐药，微量肉汤 稀释法结果显示，该分离株对利福平最小抑菌浓度 （Minimal inhibitory concentration，MIC）为 50 μg/mL。 利用细菌基因组三代测序技术和生物信息学平台，我们构建并分析了RA-WH9 基因组完成 图，分析结果表明：RA-WH9 染色体总长度为2488018bp，GC含量34.58%，编码2563个基因， 其中包含88个耐药基因，其耐药基因型与耐药表型一致。除此之外，RA-WH9携带一个全长10736 bp 的质粒 （命名为pRA-59），其质粒复制子属于Inc 类型，与鸭疫里默氏杆菌现有报道的质粒 pJX、pCFC1、pCFC2 骨架结构相似，编码 13个基因，其中包括3个拷贝的ISRa1转座酶。 细菌接合转导实验证实，pRA-59可使同种属鸭疫里默氏杆菌CH3、Yb2、HXb2 等菌株对利 福平的MIC 增大60倍，也可显著提高不同种属DH5α、BL21等菌株对利福平的MIC。 由于无法从结合子中提取出pRA-59 质粒，我们选取鸭疫里默氏杆菌CH3-59 （pRA-59 质粒 电转至CH3所得到的结合子）进行细菌全基因组测序，测序结果表明，与母本CH3相比，CH3-59 基因组中编码TonB 依赖性受体基因（M949_1173）被pRA-59 的ISRa1转座酶及其上游启动子打 断。因此，我们猜想pRA-59介导耐药机制可能为借助上游启动子，插入宿主菌染色体，导致宿 主菌rpoB 基因发生突变，从而引起宿主菌利福平药敏性发生改变。 关键词：鸭疫里默氏杆菌，利福平，质粒，耐药 I Abstact Riemerella anatipestifer (R. anatipestifer ) is a gram-negative bacterium, which belongs to the family Flavobacteriaceae. It can cause a severe acute or chronic sepsis in ducks, geese, chickens, turkeys and other birds. R. anatipestifer is ubiquitous in the environment and has been reported worldwide. Due to its high mortality and low feed conversion rate, R. anatipestifer infection leads to great economic losses. Currently, antibiotics are still the most widely used strategy to control R. anatipestifer infection,becauseofweak cross-protectionbetween different serotypes. Rifampicin is one of the most effective broad-spectrum antibiotics against bacterial pathogens, mainly used in the treatment of tuberculosis, leprosy, t