实习2-序列分析.pptVIP

* 序列在线提交形式： 界面中有两个窗口： 上方窗口用于输入基因组序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 下方窗口用于输入cDNA/mRNA序列（直接粘贴序列或用Genbank ID/AC号） 可同时输入多条cDNA/mRNA序列与同一条基因组序列进行分析 Spidey序列提交页面 输入基因组序列或序列数据库号 输入mRNA.txt文档中的 6条序列 判断用于分析的序列间的差异， 并调整比对参数 不受默认内含子长度限制， 默认长度：内部内含子 为35kb, 末端内含子为100kb 比对阈值 选择物种 输出格式 基因结构分析 * Spidey输出结果 外显子对应于 基因组上的 起始/结束位置 外显子对应于 mRNA/cDNA上的 起始/结束位置 外显子 长度 一致性 百分比 错配和gap 序列联配结果 外显子 序号 第一条蓝色序列为基因组序列，橘黄色为外显子 供体、受体位点 基因结构分析 * 选择性剪切（Alternative splicing）分析 选择性剪接是调控基因表达的重要机制 了解不同物种、细胞、发育阶段、环境压力下基因的调控表达机制 分析方法： 查询选择性剪切相关的网站 多序列比对 基因结构分析 * 查询选择性剪切相关的网站 http://www.ebi.ac.uk/asd/index.html 综合 http://splicenest.molgen.mpg.de/ 综合 /new_alt_exon_db2/ 综合 /tigr-scripts/tgi/splnotes.pl?species=human .tw/ .au/altExtron 人 /~kent/intronerator/altsplice.html 线虫 /tdb/e2k1/ath1/altsplicing/splicing_variations.shtml 拟南芥 从已知基因的功能推测剪切机制 基因结构分析 * 选择性剪切数据库：ProSplicer .tw/ 基因名、数据库号或关键字查询 序列查询 基因结构分析 * 查询NOX1基因： ProSplicer查询结果 不同剪切体外显子组成不同 外显子 基因结构分析 * 基于序列比对分析选择性剪切 在序列上高度相似的 mRNA/cDNA/EST序列 相匹配的基因组序列 序列比对 对分布位置进行分析 cDNA/mRNA/EST 序列比对 收集序列 基因结构分析 * Nox基因 AF127763，AF166326，AF166327和AF166328 基因结构分析 * 上机实习二 步骤一： Spidey 基因剪切位点识别 /spidey mRNA序列文件：mRNA.txt Genomic序列文件：genomic.txt 步骤二： ProSplicer 选择性剪切数据库查询 .tw/ 查询基因：NOX1 * 转录调控序列分析 * 启动子区 启动子（Promoter） 位于结构基因5’端上游，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA结合并具有转录起始的特异性。 转录起始位点(Transcription start site, TSS) PYCAPY（嘧啶） 核心启动子元件(Core promoter element) TATA box，Pribnow box （TATAA) 上游启动子元件(Upstream promoter element，UPE) CAAT box，GC box，SP1，Otc 增强子(Enhancer) 转录调控序列分析 * 原核和真核生物基因转录起始位点上游区结构 原核生物 真核生物 TTGACA TATAAT A mRNA ＋1 －10 －35 PyAPy TATAAT GC区 CAAT区 mRNA ＋1 －40 －25 －110 增强子 上游启动子元件，UPE 核心启动子元件 转录起始位点 转录调控序列分析 * 启动子数据库 TransFac / EPD http://www.epd.isb-sib.ch/ TRRD http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/gnw/trrd Jaspar / Zhang Lab /software/index1.htm DBTSS http://dbtss.hgc.jp/index.html MIRAGE / Bacillus subtilis http://dbtbs.hgc.jp/ Drosophila melanogaster /labs/Kadonaga/DCPD.html E. coli /ecoli_matrices/ Human /~mfrith/HPD.html PlantProm /berry.phtml?topic