第四章、三维构型图的创建-Chem 3D 使用.ppt

(b)利用Building工具中的文本工具按钮来创建分子构型 在文本区域内键入原子符号及数量(化学式)即可 创建4-甲基-2-戊醇的构型，CH3CH(CH3)CH2CH(OH)CH3，按下回车键即可 利用类似方法还可以在原结构上加入或修改取代基，通过文本工具点击任一需要添加取代基位置的原子，在文本区域写上新的基团(缩写或分子式均可) C6H5 或Ph 课堂习题： (1) 绘制反式1,2-二甲基乙烯，并利用旋转操作转化为顺式构型; (2)直接绘制丹参醌的三维构型图: (c)利用View菜单下的Chemdraw面板来创建分子构型(用于复杂分子的构造) 同步更新 追加构型 构型替代 从Chem3D复制构型到Chemdraw 构型自动调整 清除构型 锁定窗口 (4) 分子构型的优化 (a) 利用MM2分子力学方法： 分子力学方法计算量小，适合于大体系有机分子的构型优化 显示每轮迭代信息 记录每轮构型(动画显示) 输出每轮结构参数 构型收敛标准 状态栏： 例如：优化(10,0)碳纳米管构型 (b) 利用Gamess量子化学软件包： 计算方法 基组类型 波函数类型 添加极化/弥散基函数 构型优化方法 体系电荷/自旋多重度 自洽场迭代参数控制 溶剂效应及其模型 MO初始猜测类型 点群及其主轴 内存定义 所计算性质包括： 偶极矩 电子密度 静电势 动能 Lowdin电荷和布居数 Mulliken电荷和布居数 势能 总能量 计算方法选择： HF MP2 DFT GVB MCSCF CI以及CC等 从头算方法 其中从头算方法计算结果可靠，但计算量大；半经验方法计算量小，但精确度较差，仅适合有机分子体系。 MNDO AM1 PM3 半经验方法 例：采用AM1方法研究正丁烷的结构稳定性 -15006.36 Kcal/Mol -15007.43 Kcal/Mol -15006.99 Kcal/Mol -15004.63 Kcal/Mol 0.4 kcal 1.1 kcal 2.4 kcal TS TS 课堂习题： (1) 采用PM3方法优化(5,5)碳纳米管的构型； (2)计算O原子在(5,5)碳纳米管的吸附能: (5) 分子性质的计算 (a) 采用MM2分子动力学方法研究构型在一定温度下构型的转变 600K 40ps (b) 采用Gammes软件包进行IR、Raman以及NMR光谱的理论模拟和预测 例：正丁烷IR/Raman谱图的AM1计算结果 注：计算性质前构型需先优化过 (c) 分子轨道拓扑图像的绘制 构型优化后，选择Surfaces菜单下的Choose Surface选项： 默认情况下，绘制的是最高占据轨道(HOMO)，可通过Surface菜单下的Select Molecular Orbital的选项来选择所要绘制的分子轨道： LUMO为最低未占据轨道 电子填充到HOMO轨道 例：苯分子的前线分子轨道(HF方法，最小基组) HOMO (简并态) LUMO (简并态) ?键 ?反键 (6) 动画制作 (a) 利用MM2分子 制作3D动画 记录下的为动力学模拟过程中构型的改变情况 (b) Movie菜单来制作绕 轴或键旋转的3D动画 制作后的动画可以保存为avi格式(压缩或非压缩) 上机习题： 1.构造丹参醌的三维构型图,并在图中标出所有环上的C—C键长，以及C—O的键长和C—O—C和O—C—C键角(精确到小数点后第三位,单位为?和°)； 2.采用MM2方法研究： 椅式和船式环己烷的稳定性； 当椅式环己烷某个C上的H原子被甲基取代时，比较e键构型和a键构型的稳定性； (3) 当椅式环己烷相邻两个C上的一个H原子分别被甲基取代时，比较ee键构型、ae键构型和aa键构型的稳定性； 给出每个构象的构型图和能量。 3.构造邻、间、对位三种硝基甲苯的构型: (1) 采用AM1方法对上述三个构型进行优化，比较三者能量稳定性，并计算C—N和N—O键长； (2) 计算三种构型中硝基功能团所带电荷，考察位置变化对硝基电荷的影响。 View position子选项： 选择显示中心 改变图像大小 定义显示的方向(两个原子)或平面(三个原子) 工具条显示控制选项： 计算正在进行 终止计算 结构菜单：分子结构参数的测量以及对构型的定位和反演等对称操作。 结构参数包括键长、键角以及二面角等 构型调整 可直接标出结构参数 计算菜单：对所绘制构型进行分子动力学、构型优化以及性质计算等 计算结果输出控制 终止计算 扩展Huckel计算(半经验) MM2分子力学计算 调用Gamess量化程序包 Jaguar和Mopac非内嵌，需用户购买 MM2分子力学功能： 能量最小化(构型优化) 分子动力学模拟 性质计算 显示计算所使用的参数 Gamess计算功能： 能量