基因转录组的测定及分析PPT.pptVIP

Antisense transcripts (Hela) Antisense transcripts Brain Hela Antisense transcripts Conclusion rmRNA-seq identified more novel transcripts from the intergenic, intronic and repeat sequences regions, as the candidate poly A- transcripts the reads from rmRNA-seq show a more uniform distribution across genes compared to those from mRNA-seq, which improves the sensitivity of detection, accuracy of quantification and completeness of splice and exon maps Exon expression RNA-seq技术与芯片技术的比较 方法 表达芯片 Tilling芯片 RNA-seq 与基因组大小相关 分辨率 N/A （人/小鼠≥35bp） 1bp 成本 低 低-高，与芯片密度相关 高 检测范围 4个数量级 2 数量级 与测序量及实际表达量相关 灵敏度 中 低 高 新转录本 不可以 有限 可以 可变剪接 不可以 有限 可以 可变调控区 不可以 可以 可以 反义转录本 N/A N/A 可以 SNPs,突变 有限 有限 可以 等位表达差异 有限 有限 可以 数据量 0.01-0.05Gb 0.1-1Gb 1-15Tb 生物信息分析 低 高 极高 引自Wilhelm, B.等，2009 基因功能分类 ◆ 手工分类 大部分以Adams 95年的文章中的采用分类体系为标准。 【Adams. MD, et al. Initial assessment of human gene diversity and expression patterns based upon 83 million nucleotides of cDNA sequence. Nature. 1995 377(6547 Suppl):3-174 】 ◆ 计算机批量处理 利用标准基因词汇体系Gene Ontology，进行近似的分类(分子功能、生物学过程、分子组分)。 (/) ◆ 基因产物直系同源簇的分析（COG） (/COG/) 　 Hela GO/KEGG GO functional classification Data Analysis Result for fragment data EST的代谢途径分析(KEGG) http://www.genome.ad.jp/kegg/ ??????????????????????????????????????????????????????????????????????? Significant Differentia