第6章 生物信息学和进化的研究方法.pdfVIP

第六章 生物信息学和进化的研究方法 蛋白质序列清楚地反映出生物的进化关系。Jane Goodall 和一只黑猩猩互动提示人类与黑猩 猩亲缘关系近。血红蛋白的氨基酸序列也证明人类与黑猩猩的亲缘关系。在血红蛋白 153 个氨基酸残基中，人血红蛋白（红色）与黑猩猩血红蛋白（蓝色）只有一个氨基酸残基不同。 [左边, Kennan Ward/Corbis.] 如同人类家族的成员一样，分子家族的成员有一些共同的特征。比较蛋白质的三维结构 （即与蛋白功能关系最密切的参数），我们很容易鉴定蛋白家族成员。我们在蛋白质折叠章 节介绍过的牛核酸酶，其三维结构与人核酸酶的三维结构颇为类似（图6.1）。虽然这种类似 性在意料之中( 因为这两个蛋白质的功能是一样的），但是有些情况下这种比较却获得了我们 意料之外的结果。例如血管生成素(angiogenin)是能够刺激血管生成的蛋白质。但是血管生 成素的三维结构与核酸酶三维结构非常相似，说明血管生成素和核酸酶属于同一蛋白家族 （图6.2）。因此它们肯定来自同一祖先分子。 图6.1 牛和人核酸酶结构。功能类似性的蛋白质常常具有结构类似性。[Drawn from 8RAT.pdb. and 2RNF.pdb] 图6.2 血管生成素的结构。该蛋白质能促进血管生长，具有与核酸酶非常相似的三维结