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拟南芥全基因组增强子鉴定和方法比较 目 录 摘 要i Abstract ii 缩略语表iv 1 前言 1 1.1 增强子的特点以及在基因表达调控中的作用 1 1.2 识别增强子的方法 3 1.3 植物增强子的研究现状 6 1.4 研究问题的来源与意义 7 2 材料与方法 8 2.1 数据来源 8 2.2 STARR-seq 技术 9 2.3 数据处理 12 2.3.1 STARR-seq 数据处理 12 2.3.2 染色质可及性数据处理 13 2.3.3 ChIP-seq 数据处理 13 2.3.4 转录组数据处理 14 2.3.5 Hi-C 数据处理 14 2.3.6 甲基化数据处理 14 3 结果与分析 15 3.1 STARR-seq 鉴定的拟南芥增强子 15 3.1.1 两种STARR-seq 方法的文库信息对比 15 3.1.2 两种STARR-seq 方法鉴定的增强子结果比较 18 3.1.3 增强子在基因组中的分布20 3.1.4 增强子与基因表达的关系23 3.1.5 增强子中的表观遗传修饰信号26 3.1.6 增强子的分类28 3.1.7 增强子与转录因子的关系 32 3.1.8 增强子与染色质相互作用 33 I 华中农业大学2020 届硕士研究生学位（毕业）论文 3.1.9 小结 34 3.2 DHS 识别的拟南芥增强子 35 3.2.1 DHS 在基因组中的分布和DHS 增强子的定义 35 3.2.2 DHS 增强子的分类 37 3.2.3 基因间区和基因内部的DHS 增强子 39 3.3 H3K4me1 识别的拟南芥增强子 41 3.3.1 H3K4me1 在基因组中的分布 41 3.3.2 H3K4me1 的分类 41 3.4 STARR-seq、DHS 和H3K4me1 的增强子结果比较分析 44 3.4.1 STARR-seq、DHS 和H3K4me1 的基因组分布差异与联系 44 3.4.2 STARR-seq、DHS 和H3K4me1 在近端基因表达上的差异 47 3.4.3 STARR-seq、DHS 和H3K4me1 的motif 和转录因子差异 47 4 讨论 50 4.1 本文工作总结 50 4.2 增强子鉴定方法的选择与局限性 51 4.3 STARR-seq、DHS 和 H3K4me1 增强子的体外验证 52 4.4 增强子研究中的问题 53 参考文献 55 附 录 63 致 谢 70 II 拟南芥全基因组增强子鉴定和方法比较 摘 要 增强子是一类非常重要的广泛分布于基因组中的 DNA 调控元件，它可以增强 目标基因的转录并且没有方向性和距离性偏好。在人类、小鼠和果蝇等模式生物中 的增强子鉴定已经得到了广泛的研究，但作为模式植物的拟南芥还缺乏一个对全基 因组范围增强子的功