6.6.RNA二级结构预测.pdf

RNA二级结构预测 375nt 的环形类病毒GHVd 的RNA二级结 构预测和RT-PCR、Northern blot检测结果 2 RNA二级结构 一级结构：由字母A , C, G, U 标记 的核苷酸构成的一条链. 实例：A-C-C-G-C-C- U-A-A-G-C-C-G- U-C-C- U-A-A-G- ... 二级结构： 核苷酸相互 匹配构成的 平面结构 3 匹配原则 • 配对U-A, C-G i j • 末端不出现“尖角”, 位置i-j 配对, 则i j －4 i j • 每个核苷酸只能参加一个配对 • 不允许交叉，即如果位置i , i ,j ,j i j 1 2 1 2 满足i i j j ，不允许i -j , i -j 配 1 2 1 2 1 1 2 2 对，但可以允许 i -j , i -j 配对. 1 2 2 1 i1 i2 j 1 j 2 i1 i2 j 1 j 2 4 匹配的结构 发夹环 内环 臂 5 RNA二级结构问题 给定RNA 的一条链（一级结构），预测 它的可能的稳定的二级结构 稳定二级结构满足的条件 生物学条件：具有最小自由能 简化条件：具有最多的匹配对数 问题：给定RNA链，求具有最多匹配对 数的二级结构，即最优结构. 6 建模 • 子问题界定: 前边界i , 后边界j • 若j 与k (所有可能)位置匹配，归约为 子问题1：i 到k-1的链 子问题2 ：k+1到j -1的链 子问题1 子问题2 i i+ k1 k k+1 j 1 j 1 • 若j 不参与匹配，则原问题归约为i 到j -1 的子问题 7 优化函数的递推方程 令C[i,j]是序列S [i..j ]的最大匹配对数 C[i, j ] max{ C[i, j 1], max {1 C[i, k 1] C[k  1, j 1]}}