天然产物药物的遗传学基础.pptxVIP

;;;;提 纲 I. 天然产物药物生物合成相关的基因 II.生物信息学分析天然产物的合成基因 III.实例分析与讲解;天然产物是怎么产生的？;I. 天然产物药物生物合成相关的基因;微生物天然产物的结构;次级代谢产物及合成酶的分类;次级代谢产物生物合成的里程碑;非核糖体多肽合酶;? 非核糖体多肽合酶NRPSs的结构组成;? 非核糖体多肽合成酶NRPSs模块结构域组成;枯草杆菌surfactin的生物合成;? 选择性结构域 – 差向异构化结构域（epimerization结构域，E结构域） – 甲基化结构域（methylation结构域）;聚酮合酶 (PKS);;聚酮合酶类型;Ⅰ型PKS ? 是以模块形式存在的多功能酶,每一模块含有一套独特的、非重复使用 的催化功能域,其非重复使用的催化功能域与聚酮生物合成的反应顺序 呈线性对应,主要催化合成大环内酯类、聚烯及聚醚类化合物。 II型PKS 1984年Malpartida和Hopwood首次报道了II型PKS，是一个多功能酶复 合体，只包含一套可重复使用 的结构域，每一个结构域在重复的反 应步骤中都多次地用来催化相同的反应。 III型PKS ? 以植物中的查耳酮合酶为代表，和前两种PKS迥然不同，在不需要 ACP的情况下直接催化泛酰辅酶A间的缩合，主要负责单环或双环芳 香类聚酮化合物的生物合成。;;;萜类合酶（TC）;萜类合成过程中的关键酶;? 萜类合酶（TPS） – 催化分子内环化反应，将GPP、FPP和GGPP这三种非环化的底物转化 为不同的萜类 ? 单萜烯合酶 – 产生非环化、单环和二环的烯类、醇类和二磷酸酯的产物 ? 倍半萜烯合酶 – 经过最初的离子异构化后环化形成各种阳离子中间产物，最终通过去 质子反应或捕获亲核试剂进一步环化形成一系列的倍半萜 ? 二萜烯合酶 – 起始底物为GGPP，经过双键质子化后再环化形成各种阳离子中间产 物，最终通过去质子或捕获亲核物质进一步环化形成一系列的二萜;萜类化合物的生物合成途径;萜类化合物的生物合成;二甲基烯丙基色氨酸合酶 (DMATS);Methylergometrin;作业与思考;天然产物生物合成的修饰基因;天然产物生物合成的转运基因;? 定义 –腺苷三磷酸结合盒转运蛋白超家族是一组跨膜蛋白，具有ATP结合区域的单?? 底物转运泵，以主动运输的方式完成多种分子的跨膜转运 ? 结构特征 –核心结构通常由四个结构域组成，包括两个高度疏水的跨膜结构域（TMD）和 两个核苷酸结合域（NBD） –每个跨膜结构域一般由6个α螺旋构成，他们形成一个跨膜通道以实现底物分子 的运输，同时参与底物的识别过程 –核苷酸结合域位于胞质，结合和水解ATP，含有3个motif，为Walker A、Walker B 和Walker C，后者位于前两个motif之间，前两个motif是所有的核苷酸结合蛋白所 共有的，Walker C是ABC转运蛋白所特有的motif;;? 核心结构域排列;MFS转运蛋白;? 转运机制;天然产物生物合成的调控基因;真菌次级代谢产物的转录调控;基因簇特异的调控因子;基因簇特异的调控因子;广泛的调控因子;Cys2His2;亮氨酸拉链类型转录因子bZIP;;全局性调控因子;;影响天然产物合成的其他基因;;;提 纲 I. 微生物天然产物的基因基础 II.天然产物合成基因的生物信息学分析 III.实例分析与讲解;II.天然产物合成基因的生物信 息学分析;II.天然产物合成基因的生物信 息学分析;NRPS类化合物的基因簇及相关酶;;;PKS类化合物的基因簇及相关酶;PKS类化合物基因簇预测及生物合成;II.天然产物合成基因的生物信 息学分析;;基于基因簇预测PKS类化合物结构;基于基因组信息预测发现萜类化合物;II.天然产物合成基因的生物信 息学分析;基因簇生物信息学分析工具;SMURF （Secondary Metabolite Unknown Regions Finder） ? 是第一个综合性的专门针对真菌制作的预测真菌基因组中假定骨 架基因的分析软件, 能够准确地预测鉴定NRPSs、PKSs、NRPS-PKS 杂合体、吲哚生物碱和萜类化合物的相关基因簇 只能在线分析: /smurf/index.php;SMURF Input;Run SMURF;SMURF Result;;antiSMASH （antibiotics Secondary Metabolite Analysis Shell） ? 覆盖了整个生物基因组范围，针对已知的天然产物生物合成相关的 基因簇定位，进行骨架基因簇的预测和定位。 ? 目前，升级后的antiSMASH3.0 可在线对输入的基因组序列进行基因 簇的快速预测分析 /;基因簇生物信息学分析工具;Run antiSM