国自然酸校长加餐-2018.11.06.pdfVIP

现在开始转播昨晚酸菜的加餐，放在这里大家有空时学习。 首先我们有2 篇借鉴的文献，来自于同一个实验室的，套路非常相似。同学 们反馈案例文献比较难，做减法自己搞不定，我先把辅文献JCI 那篇的逻辑论证 结构揭晓给大家。 这篇文章同样是 lncRNA结合蛋白调控下游基因转录，套路与案例几乎一模 一样，区别在于少了一个TAM 的嵌套，这样逻辑上稍微简单一点。连H3K4Me3 的 横纵嵌套，都是一样的，高水平实验室，做直接机制发高分文章也一样的套路。 我们直接把减掉TAM 细胞交互后的科学假设结构提炼出来，会发现比课程案例里 讲解的更简单一些。 即使是剪掉了TAM 肿瘤相关巨噬细胞，它依然是一个细胞交互结构,是肿瘤 细胞作为供体细胞分泌因子去影响淋巴管内皮细胞，淋巴管内皮细胞是个受体细 胞。那么在肿瘤细胞当中，LncRNA 有一套直接交互的机制，它通过与蛋白结合去 影响VEGFC，1 个能够调控淋巴管内皮细胞增殖的明星细胞因子。 所以他的科学假设嵌套结构是：膀胱癌淋巴转移的问题，淋巴转移当中聚焦 到淋巴管新生是怎么发生的。那么这个信号来自于肿瘤细胞对微环境的改造分泌 VEGFC。而它分泌的上游因子是有一条新的 LncRNA，这是一个创新的主变量。 LncRNA 通过结合蛋白来调控VEGFC。不管是从转录水平也好,转录后也好，翻译 调控也好，都是某种直接作用机制来影响它的分泌，形成细胞交互。 这样一个课题，你可以设想一下，根据我们辅文献的这个参考，他一共可以 分成五条逻辑链条跟我们的案例文献是相似的。首先你要提出来LncRNA 和淋巴 转移的问题，这个跟前面一样，因为他是肿瘤细胞里表达的一个 LncRNA。第二 步，要去研究它的表型，这也跟前面一样。因为我们只是省掉了肿瘤相关巨噬细 胞这一步。所以这些实验的细胞模型，动物模型，那些数据格式跟我们的案例文 献都是一致的，我们只要借鉴过来就可以了，这个数据框架。第三条逻辑，是 LncRNA 直接会影响VEGFC，这是跟前面那个案例不一样的地方，他没有经由CCL2 的表达和介导TAM 的变化直接到了VEGFC。 要证明LncRNA 介导VEGFC 依赖于VEGFC 去影响淋巴管新生影响淋巴转移， 可以有个rescue 设计。这个案例文献也一样，下一个逻辑是在细节上面进行探 究，就 lncRNA 怎样调节VEGFC 的转录的或者不做转录调控做其他水平的也是可 以的，这里要介入一个RNA 和蛋白的交互作用关系。因为LncRNA 就两种主要的 作用机制模式。第一种去做ceRNA，但是那个已经有点俗了，现在比较流行的主 要是研究RNA 和蛋白的交互。因为蛋白有各种各样不同的功能，你跟他交互之后， 会影响它介导的原来的那个功能。比如说他原来调节转录就可能影响转录；原来 他是进行蛋白转运的就有可能影响他的定位等等。把这个故事串起来放在里面情 节就很丰富。 在我们的案例文献里面，先做了淋巴转移的问题，细胞模型、动物模型。然 后在后半部分才做到淋巴管新生那个表型做那个成管腔的实验。做淋巴管内皮细 胞迁移的实验等等。那么我们同样也可以用这样一种数据结构，把淋巴转移和淋 巴管新生这两个逐步深入的表型，给他设置一个表型嵌套的层次，到了淋巴管新 生这一步，不管是细胞模型和动物模型依然可以去验证，我们的LncRNA 主变量 是依赖于这个下游的靶基因的。从细节部分再跳出来再去设置假设的逻辑环节当 中，把它每个链条穿的更完整一点。 一个套路多打几遍，你就有打套路的感觉了，我再把这样一个数据结构和假 设的立项依据展开模块给大家梳理一遍。这个模块跟我们案例讲的还是大同小异 的，只是有差别的地方是部分模块进行了简化。但是该有的部分该有的层次，还 是依然会有。前面部分基本不会动，关于膀胱癌的淋巴转移的问题，以及淋巴管 新生的表型，肿瘤微环境，肿瘤细胞和淋巴管内皮细胞的交互等等。这些都放在 前部分，大部分是综述的内容，不会动。那么从前期工作开始，要导入我们的创 新主变量就是LncR 的问题。LncRNA 它有表达差异的那一套数据，我们文章里见 过，这里可以描述，包括怎么筛选的也可以描述。 表达差异，做完之后，接下来就要进行表型的验证，一正一反操作主变量来 观察两部分表型的结果。一个是关于淋巴转移的表型，在案例文献里面它是用了 一个动物模型来验证的。另外一个观察角度是肿瘤细胞的侵袭转移能力，这个可 以从细胞和动物两个方面去验证。那么也可以把一部分内容放到研究内容里面， 前期是只要把逻辑链条穿起来有基本的证据就可以了，有了这部分数据之