VectorNTI中文使用说明书.pptxVIP

Vector NTI 7.0 Users Manual 软件包中文翻译者：宋厚辉（浙江大学） 前言（Introduction） 程序附带的数据库（Vector NTI database）包括：DNA/RNA、蛋白质、内切酶、寡核苷 酸、凝胶 mark。此外程序还提供数据库开发（Database Explorer）功能，用户可以自己 修改、添加、拷贝感兴趣的各类数据库。 创建新分子（有四种方法） 用GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT and FASTA、ASCII 等格式输入 DNA 或氨基酸。 手工粘帖，然后保存到数据库中 从其他分子、接头、载体中剪切、拼接构键 从 DNA 或 RNA 分子的编码区翻译成蛋白质 ???于新分子的序列特征图谱：利用 GenBank/GenPept, EMBL/SWISS-PROT or FASTA 等 格式输入的分子都能显示出序列和结构图，但自己手工粘帖的没有，需要自己编辑 第一章 Chapter 1 Tutorial: Display Windows（显示窗口） 目的：创建显示窗口，并对图、序列和文本进行操作 1.登录 Vector NTI 安装后首次登录，系统将提示是否允许填充空库，点 OK。这样 DNA molecules, proteins, enzymes, oligos, and gel markers 将组成 NTI 的数据库。并出现下列两个窗口。 2. 观察出现的 Vector NTI 工作窗口 和 Database Explorer 窗口;;4. 观察 pBR322 显示窗口 上面的窗口由文本区（对分子信息的文字描述，双击文件夹可以看到）、图形区（标住限制 性内切酶位点等）和序列区（全序列及酶切位点）三个部分组成。 5. 显示窗口的管理（通过拖拉标尺，改变窗口、或每个显示区的相对大小） 6. 转换 pBR322’s 图形区：在工具栏左边的 active pane 右侧有三个 按钮，用鼠标点当中那个（graphics pane）;用户可以对序列的颜色、大小、10 个一组显示还是 15 个一组（默认是 10 个 碱基一组），结构图的颜色、限制酶切图谱（注意刚开始显示的 PBR322 上限 制酶并不多）、ORF、Motif 等进行设置。现在我们打算把序列字体的颜色由黑 色变成绿色，显示全部 PBR322 的酶切图。操作如下：在刚才的窗口中点 restriction map 下面的 RMap setup 按钮，在出现的对话框中点 Add,再在出 现的对话框中点 select all，然后 OK。点 sequence 下面的 sequence setup, 可以看到序列长度的设置等，在 color 栏中选 green,一路点OK。此时显示如 下：;;;点击窗口下面的 exploring——local vector NTI database 图标，打开打开 Explorer 窗口，点击窗口左上角的下拉式菜单，选 Protein Molecules (MAIN) 数据库。找到 41BB_HUMAN’s 并双击。打开窗口如下：;8;;3. 对 pBR322’s 的常用数据（general data）进行编辑 在文本区的最上面，双击 PBR322 名字，弹出下面窗口：;new——Replace Sequence 21 bp–40 bp，将窗口中第 23 和 24 位的 TC 删除分别用 AA 代替，窗口将显示如下：;注意刚才修改完后，在屏幕左上角 My pBR322 的后面，有一个星号，说明当 前显示的分子已经修改，下面将修改结果取消，点击菜单 molecular—— Revert To Saved，点 OK 确定。此时数据库将刚才的修改结果取消了。（如 果需要保存修改结果则在 molecular 菜单中选 save as 命令） 6. 如何插入新的序列片段 通常在编辑序列的时候需要在序列图谱中插入一段基因或者一段特征序列，先找 到序列中的 AP(R) 标志（ 3293 bp–4156 bp）和 TC(R) 标志（ 86 –1276 bp），菜单 edit——Set Caret Position，输入 200，将光标打到 200bp 处，下面我们要在此位置处输入 10 个T 碱基。点菜单 edit——new— —insert sequence 200bp,在出现的对话框中输入 10 个T，点 OK，然后又 出现一个对话框，问你是否确认当前的序列已经修改（CDS TC(R) is affected by sequence editing，Delete, Delete All, Keep, and Keep All），点 keep.我们发现在 200bp 序