西瓜短蔓基因Cldf的图位克隆.pdfVIP

摘 要 摘 要 西瓜（Citrullus lanatus），为葫芦科（Cucurbitaceae）西瓜属（Citrullus），是一 种重要的经济作物。株高是西瓜重要的的农艺性状，短蔓西瓜植株紧凑，蔓较短，适 于高密度栽培，提高产量；在栽培和管理过程中，短蔓西瓜使西瓜生产更简约，省工 省力。因此，开展对西瓜短蔓调控基因的精细定位与克隆研究，对培育短蔓西瓜新品 种具有重要意义。本研究以短蔓 “N21 ”、长蔓“M08 ”为亲本，构建F2 代遗传群体， 用于分析西瓜短蔓表型的遗传规律。分析表明 N21 的短蔓表型是由单隐性基因控制， 命名为 Cldf （Citrullus lanatus dwarfism）。同时，利用基因组重测序技术，完成西瓜短 蔓基因的精细定位，确定赤霉素 3-β-羟化酶编码基因 Cla015407 为 Cldf 的候选基因。 主要试验结果如下： 1. 相比于正常株系 M08 ，矮化自交系N21 蔓较短、株型紧凑、叶片较小。测量两 个亲本及 F1 节间长度和株高，结果表明，N21 的节间长度（4.0 ± 0.8 cm, 22 个节间） 远小于 M08 （9.6 cm ± 1.7 cm, 22 个节间），而前者的株高（88.0 ± 6.1 cm ）也明显小 于后者（211.6 ± 8.9 cm ），正反交F1 植株的株高和节间长度也显著高于短蔓 N21 ，但 低于正常株系 M08 ，说明长蔓对短蔓为显性。群体蔓长形态统计发现，蔓长表型在苗 期可明显区分，且在整个发育阶段明显分为短蔓或长蔓。 2. 将亲本 N21 和 M08 通过正反交得到两个不同的 F1 代（N21 × M08 F 1 和 M08 × N21 F ）。然后将F 进行自花授粉，每株单独收种，构建 F 代分离群体，用于遗传分 1 1 2 析和定位短蔓基因。统计正反交F 群体的蔓长分离数据，结果显示：在421 株M08 × N21 2 2 F2 群体中，长蔓植株有 315 株，短蔓植株有 106 株，比例 3:1 （ = 0.0008, p = 0.93 ） 符合孟德尔单基因遗传定律；在 364 株 N21 × M08 F2 群体中，长蔓植株有 266 株，短 2 蔓植株有 98 株，比例 3:1 （ = 0.62, p = 0.40 ）也符合孟德尔单基因遗传定律。综上所 述，N21 的短蔓表型由单隐性基因控制，命名为 Cldf。 3. 本研究利用基因组重测序技术鉴定亲本基因 SNP 和 Indels 位点，共获得 152,894 个可靠的 SNP 和 Indels 位点，用于开发分子标记。在西瓜 11 条染色体上分别设计一条 多态性标记扫描 F2 分离群体（96 株）。连锁分析显示，9 号染色体上的 标记与短蔓 Cldf 位点连锁。随后，设计新的多态性标记确定群体（96 株）的基因型， 将短蔓基因定位在标记 W1222182 和 W1221186 之间，物理距离为 235.67 kb 。 4. 用侧翼标记 和 W1221186 对 1996 株群体进行基因分型，鉴定重组 体，然后用 4 个高密度多态性分子标记扫描重组体，将基因 Cldf 定位在标记 W1222183 和 W1222185 之间，物理距离约为 32.88 kb，并且获得育种上能辅助选种的共分离标记 W1221184 。 I 西北农林科技大学硕士学位论文 5. 通过分析西瓜参考基因组（v1，97103 ）注释文件发现，候选区间内共有3 个注 释基因。结合序列分析及基因注释发现，在 N21 中，Cla015407 内含