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超级计算环境基础并行软件平台建设与应用 并行软件开发小组系列测试报告之一 PETSc 用户指南 中科院计算机网络信息中心超级计算中心 http::////sce Email: mailto:walls@walls@程强 迟学斌 冯仰德 王建 赵永华 NCIC-SC-001, SCCAS 2004 年 8 月，北京 0目录前言1 PETSc 简介1.4概 况 ……….……………………………………..……………………….1 体系结构 ………………………………………………………………… 1 基本特色 ………………………………………………………………….4 安装PETSc ……………………………………………………………….52 PETSc 的基本对象 创建和聚集 ………………………. ……………………….…….………72.1.2 基本运算操作 ………………………. ……………………….…….……82.1.3 索引和排序 …………………………. …………………….…….………82.1.4 规则网格与DA …………….……………………………….…….………92.1.5 无结构网格与IS …………………………………………………….……102.2 矩阵 ……………………………………………….………………. . . .… 11创建和聚集基本运算操作2.1.3 无矩阵运算 ………………………….…………………….…….………122.1.4 矩阵的划分…………………………………. ……………………….……12向量 ……………………………………………….……………….………7………………………. ……………………….……………11………………………. …………………….…….……...113 PETSc 的基本功能3.1 线性方程求解 ……………………………………………………………133.1.1 基本用法 ………………………. ………………………. . . .….……… 133.1.2 Krylov 子空间方法 ……………….………………………….…….……133.1.3 预条件子 …………………………….……………………….…….……143.1.4 奇异方程求解 ………………………….………………….…….………163.2 非线性方程求解 ………………………………………………………… 163.2.1 基本用法 ………………………. ………………………….…….………173.2.2 非线性解法器 ………………………. ……………………….…….……173.2.3 无矩阵方法 …………………………. …………………….…….………1713.2.4 有限差分雅可比逼近 ……… ……….………………….… ….……… 183.3 时间步进积分 …………………………………………………………… 183.3.1 基本用法 ………………………. ………………………. . . .….……… 19求解时间依赖问题求解时间稳态问题3.3.4 其它求解器 ………………… ………. …………………….……. …… 193.4 PETSc 的其他功能 ……………………………………………………… 20性能分析图形输出3.4.3 调试和错误检测 ……………………. …………………….…….………233.5 PETSc 与其它软件 ………………………………………………… …… 233.5.1 DMMG ………………………. …………………………….…….………243.5.2 ADIC/ADIFOR ……………………. ……………………….……. . ...… 243.5.3 Matlab …………………………. …………………….……. . . . . . .…… 243.5.4 ESI ………………………. ……………………….…….…. . . . . . . . . ..… 24…………………. ……………………… . …….… 19…………………. ……………………… . …….… 19………………………. ……………………….……. . .………20……………………………. ……………………….…….……224 PETSc 编程4.14.2PETSc 程序范例 ………………………………………………………… 25 PETSc 程序结构 ………………………………………………………… 28PETSc 范例测试5.1 线性方程求解 ……………………………………………………………295.1.1 范例简介 …………………………. ……………………………………295.2 非线性方程求解 ……………..………………………………………… 305.2.1 范例