2.3.2.3 测序大学生物学.pdf

测 序 （3 ） LOGO 全基因组测序 （Whole Genome Sequencing, WGS ） 采取拼接的方式。 基因组DNA分子随机打断成一系列一定长度的片段 → 分别测序 → 所有片段的序 列整体组装成整个基因组的序列。 主要的全基因组测序策略 ：定位克隆 (positional cloning) 和 de novo测序。 定位克隆 （positional cloning ） 1. 构建基因组文库 (genomic library) ：包含基因组全部基因的整个克隆群体的总和。 基因组DNA 酶切 载体连接酶切片段 载体转化宿主菌 基因组文库 定位克隆 （positional cloning ） 2. 利用荧光原位杂交技术、遗传图谱定位不同克隆到染色体的具体位置。 3. 分别对已经定位的克隆进行测序和组装 ，确定基因组序列。 染色体 数字代表被克隆的区域 From: Robert J. Brooker. Genetics analysis principles, 3rd edition. de novo测序 （ de novo sequencing ） 不依赖于任何图谱 （遗传图谱和物理图谱 ）。 基 因组打断产生随机小片段 ，利用高 基因组 性能计算平台和生物信息学方法组装 （不依赖于参考基因组 ）。 Read ：测序读到的碱基序列片段 ，测序的最小单位。 Contig ：由多个reads的重叠区域拼接组装成的没 有空缺 （gap ）的序列段。 Scaffold ：通过序列末段信息确定出的contig排列 ， 中间有gap。 RNA-Seq 转录组 (transcriptome) ： 广义上 ，指在某一待定生理条件或环境下 ，一个细胞 、组织或者生物体 中所有 RNA的总和 ，包括信使RNA (mRNA)、核糖体RNA (rRNA)、转运RNA (tRNA)及非编码 RNA(non- coding RNA或sRNA) 。 狭义上 ，指细胞中转录出来的所有mRNA的总和。 （朱玉贤 ，2013 ，《现代分子生物学》 ） RNA-Seq ： 利用高通量测序技术对转录组进行测序分析,对测序得到的大量原始读长( reads)进 行过滤组装及生物信息学分析的过程。能描述基因表达水平。 RNA-Seq 有助于了解特定生理条件下细胞 内的mRNA丰度 ， 描述基因表达水平 ，反应蛋白质产物丰度。 采用 “边合成边测序” 法。 有参考基因组序列 ：测序片段根据参考序列组装 ； 无参考序列 ： 采用de novo 法拼装。 用于发现药物靶点、阐明药物作用机制、找出重 要功能基因等方面。 /view/8bf727a81ed9ad5 1f 11df295.html 单细胞测序 (Single cell sequencing) /wikipedia/commons/thumb/d/d5/Single_cell_RNA-Seq_workflow.pdf/800px-Single_cell_RNA-