3.7在线双序列比对工具-03-EMBL局部双序列比对工具.pdf

《生物信息学》第三章：序列比较（第二部分） 在线双序列比对工具：EMBL 局部双序列比对工具 EMBL 的局部双序列比对工具可以选择经典的 Smith-Waterman 算法。仍然比对蛋白质序 列。输入的序列在示例文件 local.fasta 里面。More options 里面的参数设置和全局比对是一样 的。在这个例子里，我们保持所有参数都为默认值，点提交。 。 图 1. EMBL 局部双序列比对输入页面（local.fasta） 从比对结果可以看出（图 2），只有中间黑色的相似的部分出现在比对结果中了，两头 红色的不相似的部分被忽略掉了。也就是只返回了局部最相似，得分最高的片段的比对结果。 图 2. 局部双序列比对结果（local.fasta） 用这两条序列再做一次全局比对（图 3）。从两次的比对结果可以更清楚的看出，全局 比对里前面和后面对得不好的部分在局部比对里就都被忽略了。 图 3. 全局比对与局部比对的比较（local.fasta） 除了一长一短两条序列适合做局部比对，有的时候两条差不多长的序列也可以做局部比 对，以找出它们最相似的局部片段。比如示例文件 local2.fasta 里面的两条序列长度差不多。 我们做局部比对看看结果如何（图 4）。为了让相似的部分突出出来，我们把 gap 都调大，gap 开头调到 10，gap 延长调到 5，提交。 图 4. 局部双序列比对输入页面（local2.fasta） 比对结果中，只有黑色的相似的部分出现在最终的比对结果中了，两头红色的不相似的 部分全部被忽略了（图 5）。 图 5. 局部双序列比对结果（local2.fasta） 如果给这两条序列做全局比对的话，会发现，绝大部分位置对得都很差，只有中间这一 段对的还不错（图 6）。所以，有时候两条序列并不同源，它们只是有一个功能相似的区域， 这时用局部比对我们就能很快找到这一区域在两条序列中的位置。但是如果做全局比对的话， 结果就不如局部比对明显了。 图 6. 全局比对与局部比对的比较（local2.fasta）