3.7在线双序列比对工具-04-其他在线双序列比对工具.pdf

《生物信息学》第三章：序列比较（第二部分） 在线双序列比对工具：其他在线双序列比对工具 可以做双序列比对的工具很多（表 1）。不同网站都有自己的比对工具，所使用的算法 也不尽相同，但是它们的核心算法都是讲过的 Nidelmann-Wunsch 和 Smith-Waterman 算法， 只是在他们的基础上有所变化，有所升级。除了这些之外，大家还可以尝试一下老师我自己 开发的比对工具 表 1. 其他在线双序列比对工具 Biotools 的双序列比对工具无论是核酸序列还是蛋白质序列都能做。全局比对，局部比 对，还包括蛋白质二级结构辅助的序列比对。功能比 EMBL 的只多不少。当然这都不是最 关键的。关键的大招是除了能给出序列比对，还能给出得分矩阵（图 1）！ 图 1. Biotools 的双序列比对工具 另外，请大家注意，这个结果里，得分矩阵中的红色箭头从右下角到左上角有两条路， 因此会得出两种得分相同的比对结果。两种结果比对得分相同，但是一致度和相似度并不相 同。究竟用哪个结果，具体情况具体分析。至此，关于双序列比对，以及它的算法和它的在 线使用工具就都给大家介绍完了。