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《生物信息学》第三章：序列比较（第三部分）
在线多序列比对工具：多序列比对的保存格式
无论用哪种多序列比对工具，CLUSTAL 系列也好，TCOFFEE 系列也罢，都提供多种
格式的多序列比对结果。比如有漂亮的网页格式的，标准的 Clustal 格式的，还有写完一条
序列再写下一条的 FASTA 格式的，以及方便下一步建树使用的 Phylip 格式的（图 1）。那到
底保存哪种格式好呢？
图 1. 多序列比对的各种保存格式
要保存哪种格式主要看你下一步要干什么。在选择保存格式之前，需要问自己几个问题。
1）你选的这个格式大多数软件都支持吗？2）你的同事能用吗？3）你需要的信息这个格式
都提供了吗？4）这个格式适合进一步加工吗？通过回答这几个问题来确定你最终需要的格
式。如果比对工具输出的格式里没有你想要的哪种，可以通过第三方软件进行格式转换。比
如 fmtseq 工具 它可以实现 20 多种格 式间的转
换。其中总有一款是你想要的。
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