3.12寻找保守区域-03-PRINTS指纹图谱数据库.pdf

《生物信息学》第三章：序列比较（第三部分） 寻找保守区域：PRINTS 指纹图谱数据库 目前，科学家已经对现有的蛋白质序列进行了充分的研究，而且早已发现并总结了这些 序列上的重要基序。相 关研 究成果汇入 了PRINTS 蛋 白质序列指纹图谱数据库 所谓蛋 白质 的指纹是指一组保守的序列基序 ， 用于刻画蛋白质家族的特征。这些基序由多序列比对结果获得，且它们在氨基酸序列水平上 是不相邻的，但是在三维结构中可能紧密地结合在一起。PRINTS 数据库存储了目前已发现 的绝大多数蛋白质家族的指纹图谱。对于一个陌生的蛋白质，只要看看它的序列是否符合某 个蛋白质家族的图谱就可以对它进行分类并预测它的功能。 要浏览 PRINTS 数据库，可以输入数据库编号、关键词、或标题等以查找某一个指纹图 谱。比如点击“By text”通过关键词搜索（图 1）。输入条中输入“TRANSFERRIN”，也就 是搜索转铁蛋白家族的图谱。搜索返回转铁蛋白家族的指纹图谱链接。 图 1. 关键词搜索转铁蛋白家族图谱 点击结果页面中的“TRANSFERRIN”链接后，会显示包括指纹图谱的基本信息、与其 他数据库之间的交叉链接、构建指纹图谱所使用的蛋白质序列、以及指纹图谱中每个基序等 具体信息（图 2）。 图 2. TRANSFERRIN 结果页面 点击“View alignment”链接后，可以看到创建指纹图谱所使用的多序列比对（图 3）。 图 3. View alignment 结果页面 点击“View structure”链接后，网页会打开一个三维视图插件，并以该家族中某一特征 蛋白质具有的三维结构为例，在线显示指纹图谱中各个基序在三维结构中的位置（图 4）。 从该三维结构图中可以看出，紫色的基序在氨基酸序列水平上并不相邻，但是在三维空间结 构中是紧密联系在一起的，并形成蛋白质的重要功能区。 图 4. View structure 结果页面 除了浏览某一指纹图谱，PRINTS 还提供指纹匹配服务。也就是搜索某一序列所匹配的 指纹图谱。此功能通过 PRINTS 主页也上的“FPScan”链接实现（图 5）。注意输入的待搜 索序列只能是“a raw sequence”，也就是纯序列。换言之，FASTA 格式中带大于号的第一行 不能拷贝进输入框。示例文件 prints.fasta 请从课程附件中下载。 提交后返回的结果页面中，跟输入序列匹配的指纹图谱，根据匹配得分的高低被排列出 来（只列出前十名）（图 6）。此外，还单独列出了排名前三的指纹图谱。由此可知，得分最 高的是视紫红质家族的指纹图谱。 图 5. FPScan 输入页面