3.11多序列比对的编辑和发布-01-Jalview的介绍和操作生物化学.pdf

《生物信息学》第三章：序列比较（第三部分） 多序列比对的编辑和发布：Jalview 的介绍和操作 比对工具刚刚做出来的多序列比对有点儿生，我们通常还需要给它们加工一下。这就需 要多序列比对结果编辑器。它能给比对结果添加各种颜色，还能手动编辑比对。常用的比如 Jalview。这个名字我们之间见过。在 EMBL Clustal Omega 比对结果的 Result Summary 标签下 有 Jalview 按钮（图 1）。这个按钮可以快速启动 Jalview，但这里启动的在线版本功能不完整。 图 1. EMBL Clustal Omega 比对结果页面的 Jalview 在线启动按钮 完全版的 jalview 可以从J alview 线启动 ，或者下载安装 到本地。从这个图 2 可以看出，Desktop 版的 Jalview 和许多序列分析软件及生物数据库之间 都有关联。通过 Jalview 除了可以加工多序列比对，还可以针对比对中的序列做各种各样的 分析、比如构建系统发生树、预测蛋白质二级结构、查看结构域家族、从 PDB 数据库中查 询三级结构等。此外 Applet 版的 Jalview 可以被加载到网页中，就像 EMBL 的多序列比对工 具那样，可以从网页上直接运行并显示某个比对结果。 图 2. Jalview 功能介绍 在线启动 Desktop 版的 Jalview 可以点击主页右上角的“Launch Jalview Desktop”链接。 Jalview 基于 java 编写，所以要安装 java、信任 java、接受 java、运行 java。主页上在线打开的 Jalview 也并没有安装到本地，只是下载运行了一个远程连接的小插件而已。断网会导致 Jalview 关闭。但这个版本的 Jalview 的功能是完整的。 如果想要将 jalview 安装到本地，获得更稳定的使用体验，可以点击主页上的“Download” 链接。目前 Jalview 支持几乎所有的操作系统，选择适合你的安装。此外，Windows 版本的 安装文件也可以从附件里面下载。 Jalview 打开之后，会自动展示许多 Demo 窗口（图 3）。通过这些窗口，你可以了解到， Jalview 能加工序列比对、做进化树、分析结构，等等。功能确实不少。不过，你需要做的， 是把这些窗口统统关掉。打开你自己的多序列比对（图 4）。点击 File 菜单 - Input Alignment - From File - 打开我们之前用Clustal Omega做出并保存的多序列比对结果“clustalo.clustal”（如 果你忘记保存了可以从附件中下载）。因为“.clustal”不是 Jalview 熟悉的后缀名，所以需要 把文件类型改成“所有文件”才能看到它。 图 3. Jalview 的演示窗口 图 4. 打开多序列比对 在打开的多序列比对窗口的下方有三行柱状图（图 5）。它们体现了比对中每个位置的 保守度高低（Conservation）、比对质量高低（Score）、以及共有序列（