5.7蛋白质分子表面性质-01-VMD创建PSF文件.pdf

《生物信息学》第五章：蛋白质结构预测与分析（第二部分） 蛋白质分子表面性质：VMD 创建 PSF 文件 蛋白质分子表面性质是蛋白质结构的重要研究内容之一，对了解蛋白质的功能至关重要。 蛋白质的表面性质包括表面性状、表面电荷分布、表面残基可溶性等。表面性状可以用 VMD 的 Surface 这种 Representation 表示，电荷分布和可溶性分布同样也可以用 VMD 计算并标识 出来。 举例：VMD 做蛋白质表面的电荷分布（课程附件下载 A.pdb） 1. 下载 APBS 插件 做电荷分布，需要先给 VMD 下载 APBS 的插件（可从课程附件中下载），下载后解压 缩得到 APBS 文件夹。将 APBS 文件夹移动到 VMD 的安装目录里（也可放在其他位置）。需 要说明的是，VMD 不识别中文，所以不管是读取的文件还是写入的文件，你的文件路径中 都不能有中文。 2. 创建工作目录 首先在 D 盘的根目录下创建一个工作文件夹 test。之后产生的一系列文件都存在这里。 把 A.pdb 移动到 test 文件夹里。 3. 创建 PSF 文件 PSF 文件是另一种存储蛋白质结构信息的文件。做表面电荷分布的 APBS 插件需要读取 通过 A.pdb 创建出的 PSF 文件。 - 打开 VMD，读取 A.pdb - 点主窗口 Extensions → 点 Modeling → 点 Automatic PSF Builder → 弹出 AutoPSF 窗口 - 在 AutoPSF 窗口的 Molecule 选择已打开的 A.pdb - 在 Output basenam 里给即将创建的 PSF 文件起名并指定其保存路径为 D:\test\A_autopsf - 在 Topology files 里面选中 VMD 自带的拓扑文件 → 点 Load input files 加载文件 - 在 Step2: Selections to include in PSF/PDB 里选 everything → 点 Guess and split chains …… - 弹出提示窗口 → 点 no - 在 Step3: Segments Identified 里检测到一条链 - 点右下角 I’m feeling lucky，开始创建 PSF 文件 - 弹出提示窗口 → 点 no - 弹出提示窗口 → 显示 structure complete → 点确定，PSF 文件创建成功 PSF 文件创建成功后，test 文件夹里多了三个文件：A_autopsf.log，A_autopsf.psf 和 A_autopsf.pdb 文件。Log 文件为日志文件，无用。下一步做蛋白质表面的电荷分布需要用到 另外两个新创建的 PDB 文件和 PSF 文件。