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;The complexity of proteome. One gene - multiple proteins;人类基因组计划已完成3-4万个基因，30亿对碱基，而目前研究发现表达的蛋白质 超过250,000 个,而这些蛋白仅仅只占人类蛋白的2%-5%;（4）时间和空间 DNA通常位于细胞核内，且保持稳定，因此测定基因组的DNA序列是不受时空的影响。 对于mRNA来说，时间是主要的参考因素，在发育的不同阶段或细胞的不同活动时期，mRNA的表达是不一样的。因此，在研究转录组或基因芯片时必须考虑到时间，但通常不需要考虑空间的影响。;而在蛋白质组的研究中，不仅要考虑时间的因素，更要考虑空间的影响。首先，不同的蛋白质分布在细胞的不同部位。它们的功能与其空间定位密切相关。其次，许多蛋白质在细胞里不是静止不动的。 因此蛋白质组学又派生了一个与空间紧密相关的新研究领域—亚细胞器蛋白质组学。;;大规模、全方位的蛋白质研究势在必行; 生命科学的研究正步入崭新的蛋白质组学时代。;2002年北京蛋白质组研究中心主任贺福初院士领衔的中国科学家团队率先提出了“人类肝脏蛋白质组计划（HLPP）” ;蛋白质组研究方法主要内容; 蛋白质样品制备 (sample preparation) 蛋白质的分离 蛋白质的鉴定 生物信息学研究 ;Sample Prep;蛋白质组研究平台;蛋白质组学研究技术（Technology of Proteomics）;蛋白质组研究三个主要 技术步骤： 双向电泳分离 质谱鉴定 生物信息学 ;一维聚丙烯酰铵凝胶电泳  1-D PAGE(one-Dimensional PolyAcrlamid Gel Electrophoresis);大规模蛋白质的分离技术—2-DE Two-Dimensional Gel Electrophoresis ;二维凝胶电泳（2-DE）—二维电泳又称双向电泳，是将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率的分离分析方法。 工作原理： 1st dimension: isoelectric focusing (IEF) 蛋白质根据等电点的不同在一向等电聚焦电泳中分离(pI) 2nd dimension: SDS 蛋白质根据相对分子质量大小不同进行分离(Mr) ;Principle of 2D;;2D Gel-Based Proteomics;2D-Gel Electrophoresis;2D的分辨率和重复性;“高通量”与“自动化” ;2-DE的局限性 低丰度蛋白、膜蛋白、碱性蛋白的分离与检测 重复性 ;UV Detector;;ProteomeLabTM PF-2D目标蛋白快速分离系统; 蛋白质鉴定技术 —质谱技术( mass spectrometry);The Five Mass Spectrometry Nobel Prize Pioneers ;生物质谱技术获得2002年诺贝尔化学奖;质谱在蛋白质鉴定中的重要地位 ;Sample Inlet;质谱技术;质谱技术;MALDI-TOF;ABI 4700 MLDI-TOF/TOF;计算机图像分析与大规模数据处理技术;;;计算机图像分析;大规模数据处理;;2D Gel Databases;Types of Proteomics;; 蛋白质组学发展历史 -- 过去和现在; 蛋白质组学发展历史 -- 过去和现在;国内研究现状： 国家自然科学基金委于1997年设立了重大项目“蛋白质组学技术体系的建立” 中国科学院生物化学研究所、军事医学科学院与湖南师范大学已启动蛋白质组研究 中国科学院上海生命科学研究院、军事医学科学院与复旦大学相继成立了专门的蛋白质组学研究中心;国外研究现状： 美国NCI－肺、直肠、乳腺和卵巢等肿瘤的蛋白质组数据库 NCI与FDA－有关癌症不同发病阶段和治疗阶段的蛋白质组数据库 欧共体－酵母蛋白质组研究 英国、法国、德国、澳大利亚、日本等国也分别投入巨资进行蛋白质组学的研究 此外，Celera公司、日内瓦蛋白质组公司与布鲁克质谱仪制造公司 ;蛋白质组学参考书籍: 1《蛋白质组学：理论和方法》（钱小红/贺福初主编，科学出版社2003年）； 2《蛋白质化学与蛋白质组学》（夏其昌，曾嵘，北京科学出版社2004年）； ３《肿瘤蛋白质组学》（陈主初，梁宋平，湖南科学技术出版社2002年）； ４《探索》（A. Malcolm CampellLaurieJ. Heyer主编，孙之荣主译，北京科学出版社 2004年）； ５《蛋白质组学--从序列到功能》（S.R. Pennington，北京科学出版社）; ６　Proteome Research