微生物超详细群落多样性测序与功能分析.docx

资料收集于网络如有侵权请联系网站删除谢谢微生物群落多样性测序与功能分析微生物群落测序为指对微生物群体进行高通量测序，通过分析测序序列地构成分析特定环境中微生物群体地构成情况或基因地组成以及功能；借助不同环境下微生物群落地构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间地关系，寻找标志性菌群或特定功能地基因；对微生物群落进行测序包括两类，一类为通过 16s rDNA，18s rDNA，ITS 区域进行扩增测序分析微生物地群体构成与多样性；还有一类为宏基因组测序，为不经过分离培养微生物，而对所有微生物DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值地基因资源；以 16s rDNA 扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性与构成地分析，目前地生物信息学分析也可以基于16s rDNA 地测序对微生物群落地 资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢 微生物群落多样性测序与功能分析 微生物群落测序为指对微生物群体进行高通量测序， 通过分析测序序列地构 成分析特定环境中微生物群体地构成情况或基因地组成以及功能； 借助不同环境 下微生物群落地构成差异分析我们可以分析微生物与环境因素或宿主之间地关 系，寻找标志性菌群或特定功能地基因； 对微生物群落进行测序包括两类， 一类 为通过 16s rDNA，18s rDNA，ITS 区域进行扩增测序分析微生物地群体构成与多 样性；还有一类为宏基因组测序，为不经过分离培养微生物，而对所有微生物 DNA进行测序，从而分析微生物群落构成，基因构成，挖掘有应用价值地基因资 源； 以 16s rDNA 扩增进行测序分析主要用于微生物群落多样性与构成地分析， 目前地生物信息学分析也可以基于 16s rDNA 地测序对微生物群落地基因构成与 代谢途径进行预测分析，大大拓展了我们对于环境微生物地微生态认知； 目前我们根据 16s 地测序数据可以将微生物群落分类到种（ species ）（一 般只能对部分菌进行种地鉴定），甚至对亚种级别进行分析， 几个概念： 16S rDNA（或 16S rRNA）： 16S rRNA基因为编码原核生物核糖体小亚基地 基因，长度约为 1542bp，其分子大小适中，突变率小，为细菌系统分类学研究 中最常用与最有用地标志； 16S rRNA基因序列包括 9 个可变区与 10 个保守区， 保守区序列反映了物种间地亲缘关系， 而可变区序列则能体现物种间地差异； 16S rRNA基因测序以细菌 16S rRNA 基因测序为主 , 核心为研究样品中地物种分类、 物种丰度以及系统进化； OTU：operational taxonomic units (OTUs) 在微生物地免培养分析中经常 用到，通过提取样品地总基因组 DNA，利用 16SrRNA或 ITS 地通用引物进行 PCR 扩增，通过测序以后就可以分析样品中地微生物多样性， 那怎么区分这些不同地 序列呢，这个时候就需要引入 operational taxonomic units ，一般情况下，如 精品文档 名师归纳总结——大肚能容，容学习困难之事，学习有成 第 1 页，共 27 页 资料收集于网络如有侵权请联系网站删除谢谢果序列之间，比如不同地16S rRNA 序列地相似性高于97%就可以把它定义为一个 OTU，每个 OTU对应于一个不同地16S rRNA序列，也就为每个OTU对应于一个不同地细菌（微生物）种；通过OTU分析，就可以知道样品中地微生物多样性与不同微生物地丰度；测序区段：由于 16s rDNA较长（ 1.5kb ），我们只能对其中经常变化地区域也就为可变区进行测序；16s rDNA包含有 9 个可变区，分别为v1-v9 ；一般我们 资料收集于网络 如有侵权请联系网站 删除 谢谢 果序列之间，比如不同地 16S rRNA 序列地相似性高于 97%就可以把它定义为一 个 OTU，每个 OTU对应于一个不同地 16S rRNA序列，也就为每个 OTU对应于一 个不同地细菌（微生物）种；通过 OTU分析，就可以知道样品中地微生物多样性 与不同微生物地丰度； 测序区段：由于 16s rDNA较长（ 1.5kb ），我们只能对其中经常变化地区域 也就为可变区进行测序； 16s rDNA包含有 9 个可变区，分别为 v1-v9 ；一般我们 对 v3-v4 双可变区域进行扩增与测序，也有对 v1-v3 区进行扩增测序； 工具 / 原料 16s rDNA测序首先需要提取环境样品地 便、空气或水体等任何来源； DNA，这些 DNA可以来自土壤、粪 提取 DNA后需要经过质检与纯化，一般 16s rDNA 测序扩增对 DNA地总量 要求并不高，总量大于 100ng，浓度大于 10ng/ul 一般都可以满足要求；如果为 来自与寄