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_ 简介 安装 Pymol 是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 Warren Lyford DeLano 编写，并且由 DeLano Scientific LLC 负责商业发行。 Pymol 被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维结构。据 软件作者宣称， 在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中， 有四分之一 是使用 Pymol 来制作的。 Pymol 名字的来源： “Py ”表示该软件基于 python 这个计算机语言， “Mol ” 则是英文分子（ molucule ）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。 由于实验需要， 本人正在学习该软件， 在这里把学习过程记录下来， 希望对有需 要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。 自 2006 年 8 月 1 日起，DeLano Scientific 对事先编译好的 PyMOL 执行程序 （包括beta 版）采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源 代码目前还是可以免费下载， 供使用者编译。 如果你和我一样， 不想为此花钱的 话： 1. 如果你是 Windows 用户，首先下载 Pymol 的源代码。 然后安装 CygWin ，并且确保正确安装以下模块： ? C++ (gcc or g++ package name) ? Python ? OpenGL ? PNG 然后在源代码目录里面依次运行： _ 2. 如果你是 Linux 用户，首先确保以下东东已安装： ? Python ? Pmw ? OpenGL driver （我用的是 NVdia ） ? libpng ? Subversion client （下载源代码需要） 然后下载 Pymol 的源代码 $ mkdir pymol-src $ svn co /svnroot/pymol/trunk/pymol pymol-src 然后进入源代码目录 # cd pymol-src 开始依次编译 # python setup.py install # python setup2.py install 拷贝执行脚本到某个 $PATH ，安装就搞定了 # cp ./pymol /usr/bin _ 如果运行时得到错误信息 ImportError: No module named Pmw ，那 么你应该运行 # python setup2.py install pmw 如果你在使用 Gentoo ，请确保编译 python 时添加了 tcl/tk 支持，否则 运行是会提示错误 ImportError: No module named _tkinter # USE=tcl tk emerge python 好了，下面我们就可以进入