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LncRNA DSCAM-AS1与YBX1互作激活FOXA1转录网络正反馈环促进癌症的进展 导读 基本原理：FOXA1是乳腺癌、肺癌以及前列腺癌起始和发展过程中关键的转录因子。之前对FOXA1转录调控网络的研究主要聚焦于蛋白编码基因。长链非编码RNAs (lncRNAs)的调控网络以及它们在FOXA1促癌活性中的作用尚不清楚。 方法：利用TCGA数据库、RNA-seq以及ChIP-seq的数据分析FOXA1调控的lncRNAs。利用RT-PCR技术检测DSCAM-AS1的表达，RT-qPCR和WB用于检测FOXA1、ERα和YBX1的表达。RNA pull-down以及RIP-qPCR用于研究DSCAM-AS1和YBX1之间的相互作用。DSCAM-AS1对肿瘤表型的影响通过体外和体内实验验证。结果：在本研究中，研究者对FOXA1调控的lncRNA进行了全面分析。具体的选取了在肺癌、乳腺癌和前列腺癌中特异表达的lncRNA DSCAM-AS1。DSCAM-AS1的表达水平受FOXA1驱动的两个超级增强子(SEs)的调节。DSCAM-AS1的高表达与预后不良相关。在敲除实验中发现DSCAM-AS1对移植瘤的生长非常关键。此外，还发现DSCAM-AS1能够调节FOXA1的表达。在乳腺癌中DSCAM-AS1也能调节ERα。从机制上而言，DSCAM-AS1能够与YBX1相互作用，并且影响YBX1在FOXA1和ERα启动子区域的招募。结论：本研究发现lncRNA DSCAM-AS1能够被FOXA1驱动的超级增强子转录活化，并且表现出种系特异的表达图谱。DSCAM-AS1通过与YBX1相互作用并且调节FOXA1和ERα的表达，促进肿瘤的发展。 实验设计 结果 1?DSCAM-AS1是一个受FOXA1调节且谱系特异的致癌lncRNA ? 为了揭示FOXA1调控网络的关键致癌作用，研究者对应答FOXA1的致癌lncRNAs进行了整合分析。研究者首先在TCGA泛癌症数据中探究了FOXA1的表达图谱，结果发现前列腺癌(PRAD)、乳腺癌(BRCA)以及肺癌(LUAD)中FOXA1的表达显著升高（图1A）。相似的结果同样在CCLE数据库中发现（图1B）。这些结果与之前FOXA1在PRAD, LUAD以及BRCA中发挥促癌作用的报道一致。因此，研究者接下来在PRAD, BRCA以及LUAD中分析了异常表达的lncRNAs，结果发现在这三种癌症细胞中71种lncRNAs过表达（图1C）。通过分析Nacht等人发表的si-FOXA1 RNA-seq数据(GSE83785)，研究者在T-47D细胞中鉴定出214个FOXA1沉默后表达显著降低的lncRNAs。这些数据中，利用发表的ChIP-seq数据对FOXA1潜在的结合位点进行分析，挑选出5个重叠的lncRNAs（表S4）。其中DSCAM-AS1 (ENSG00000235123)在TSS?(± 10kb)结合位点附近的数量最大（图1C）。因此DSCAM-AS1被用于进一步分析。 ? 为了描述DSCAM-AS1的表达情况，研究者通过TCGA数据分析了其表达水平，结果发现其在乳腺癌、肺癌、以及前列腺癌中特异表达，而非邻近的正常组织（图1D）。在CCLE数据库中也得到了特异的表达图谱（图1E）。在肺癌中，大约1/5 (93 of 488)LUAD样本能够高表达DSCAM-AS1(FPKM2)，但是在肺鳞细胞癌中表达很低。有报道称在乳腺癌中，DSCAM-AS1在ER+乳腺肿瘤组织中的表达高于ER-。尽管DSCAM-AS1在一些前列腺癌患者中高表达，在前列腺癌细胞系中表达水平很低（图S1C-D），可能是由于人类前列腺癌细胞系的数目有限。因此研究者将研究聚焦于DSCAM-AS1高表达的ER+乳腺癌和肺癌(图S1C-D)。 ? 图1.?鉴定谱系特异且受FOXA1调节的lncRNAs。（A）TCGA数据库正常的和肿瘤样本中FOXA1的表达水平，每个点代表一个组织样本；（B）CCLE数据库中FOXA1的表达水平，每个点代表一个细胞系；（C）韦恩图说明FOXA1特异的lncRNAs，TCGA数据库中分析发现BRCA, PRAD以及LUAD中lncRNAs异常过表达。在三个肿瘤样本中71个lncRNAs高表达(FC ≥3,?P?0.05)。这些lncRNAs随后与T-47D细胞RNA-seq筛选的214个FOXA1(FC≥ 2,?P?0.05)诱导的lncRNAs重合，随后利用ENCODE中的ChIP-seq数据进行5个lncRNAs交叉点与FOXA1启动子区潜在的关联；（D）在正常和肿瘤样本中非编码RNAs的DSCAM-AS1的表达水平，每个点代表一个组织样本；（E）CCLE数据库中DSCAM-AS1的表达水平，每个点代表一