大肠杆菌基因组为双链环状的DN分子课件资料.ppt

CpG methylation 真核生物基因组中存在着广泛的甲基化，DNA甲基化主要发生在CpG岛的5C上，其作用是导致基因的失活。一般说，DNA甲基化程度越高，这段DNA被转录成RNA并翻译成有功能蛋白质的可能性越小。甲基化作用好像是基因组用来防御寄生性遗传元件（parasitic genetic elements），如转座子转移的。 哺乳动物DNA中5’—CG—3’序列通常在胞嘧啶碱基处被甲基化，它与染色质中的非转录区相连。 基因组中还有未甲基化的CpG“岛”，包围着持家基因的启动子区域，形成DNase Ⅰ敏感区。 Histone variants and modification 组蛋白的共价修饰可通过影响组蛋白与DNA双链的亲和性，从而改变染色质的松散或凝集状态，来调节基因的表达。组蛋白共价修饰研究较为深入的是组蛋白乙酰化和甲基化。 组蛋白乙酰化 组蛋白甲基化 其他组蛋白修饰方式 通过乙酰化或磷酸化等化学方法对组蛋白进行修饰，可以引起染色质结构的改变，从而导致基因活性的改变。 组蛋白乙酰化 组蛋白乙酰化是由组蛋白乙酰转移酶（TACs）和组蛋白去乙酰化酶（HDACs）协调进行的，主要发生在组蛋白N末端的赖氨酸，组蛋白乙酰化呈多样性，核小体上有多个位点可提供乙酰化，但特定基因部位的组蛋白乙酰化和去乙酰化以一种非随机的、位置特异的方式进行。 e.g. IFN-β基因启动子附近组蛋白赖氨酸（H4 K8,H3 K9和K14）乙酰化，该表面能与特异的蛋白识别模块（protein recognition modules）结合。H4 K8修饰产生的特异信号是SWI/SNF复合物BRG1组分的识别结合面（binding surfaces），而H3 K9和K14修饰产生的信号是TFIID组分TAFII250的识别结合面。因此，这些特异的蛋白识别面代表了IFN-β启动子组蛋白乙酰化“密码”，并参与IFN-β转录激活作用的调节。 组蛋白甲基化 组蛋白甲基化是由组蛋白甲基化转移酶（histone methyltransferases）完成的，甲基化可发生在赖氨酸和精氨酸残基上，赖氨酸残基能够单、双、三甲基化，而精氨酸残基能够单、双甲基化，这就极大的增加了组蛋白修饰调节基因表达的复杂性。 当前的证据表明，组蛋白精氨酸甲基化是一种相对动态的标记，精氨酸甲基化与基因激活相关，而H3和H4靶精氨酸的甲基化丢失与基因沉默相关。相反，赖氨酸甲基化似乎是基因表达调控较为稳定的标记，例如，H3 第4位的赖氨酸残基甲基化与基因激活相关，而第9位和第27位赖氨酸甲基化与基因沉默相关 其他组蛋白修饰方式 其他几种方式如磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等等。 这些修饰可能通过两种机制影响染色体的结构与功能。首先，这些修饰几乎都能改变组蛋白的电荷，因此改变了组蛋白与DNA结合的特性；第二，这些修饰能够产生蛋白识别模块(protein recognition modules)的结合表面，因此能募集专一蛋白复合物到它们的表面起作用。所以有人称这些能被专一识别的修饰信息为组蛋白密码，所有这些组蛋白密码组合变化非常多，因此,组蛋白共价修饰可能是更为精细的基因表达方式。 D4 genome complexity Noncoding DNA Reassociation kinetics Unique sequence DNA Tandem gene clusters Dispersed repetitive DNA Satellite DNA Genetic polymorphism Noncoding DNA The genomes of complex eukaryotic organisms may contain more than 1000 times as much as prokarytotes. Much of the DNA does not code for protein. The coding regions of gene are interrupted by intron sequence and genes may take up many kilobases of sequence but genes are by no means contiguous along the genome, they are separated by long stretched of sequence for which the function unknown. Much of this noncoding DNA consists of multiple repeats of similar or identical cop