检验前变量对从常规手术期间和之后收集的冷冻肝组织样品获得的 rna 谱的影响.docxVIP

附录A （资料性） 检验前变量对从常规手术期间和之后收集的冷冻肝组织样品获得的RNA谱的影响 A. 1在缺血条件下鉴定的稳定和不稳定基因的比拟 在欧盟FP7 SPTDTA工程（1）内进行了一项全面的多中心研究，以通过组织样品中的检验前测变异 来识别RNA谱的变化。在常规肝脏手术期间和之后的不同时间点收集非恶性组织样品，并在2-甲基丁烷 中快速冷冻并冷却并贮存在液氮中直至进一步检查。 提取RNA并进行所有缺血样品的微阵列检查。选择基因，其显示由于检验前测变异导致的RNA谱变化。 RT-qPCR进一步验证了这些变化。 观察到一些RNA谱在缺血条件下从患者到患者的反响不同，如图a. 2所示，与研究中鉴定的稳定RNA 谱（见图A. 1）相比拟。这些不可预测的变化可能导致重大问题，例如：在生物标志物的发现和开展。 因此，应仔细评估和记录检验前工作流程。 在检查系统的设计过程中，强烈建议调查要检测的特定RNA谱是否受整个检验前过程的影响。  b）不同时间点的增量量化周期 b）不同时间点的增量量化周期 87654321012345678 X时间点 Y1 Acq均值（平均6量化周期） Y2 Acq TO手术开始时的参考时间点（无缺血控制） T1手术期间的第一时间点 T2手术期间的第二个时间点 T3组织切除后的时间点，包括短暂的冷缺血时间（通常的生物库时间点） 注：从T1到T3的结果归-?化到TO时间点以接收Acq值。 图A.1.缺血条件下不同供体的稳定RNA谱（A）的实例 Y1543210-1-2-3-4 -5TOT1T2 Y1 5 4 3 2 1 0 -1 -2 -3 -4 -5 TO T1 T2 T3 a） 不同时间点的平均增量量化周期 Y2 8 7 6 5 4 3 2 1 0 -1 -2 -3 -4 -5 -6 -7 -8 TO T1 T2 T3 b） 不同时间点的增量量化周期 x时间点 Y1 Acq均值（平均6量化周期） Y2 Acq TO手术开始时的参考时间点（无缺血控制） T1手术期间的第一时间点 T2手术期间的第二个时间点 T3组织切除后的时间点，包括短暂的冷缺血时间（通常的生物库时间点） 注：从T1到T 3的结果归一化到TO时间点以接收△ c q值。 图A.2.缺血条件下不同供体的不稳定RNA谱（B）的实例 虽然平均6量化周期（Eq值）在RNA曲线A ［图A.la）］和RNA曲线B ［图A.2a）］的所有时间点 都显得稳定，但标准偏差和患者个体结果［图A.lb）;图A.2b）］显示与稳定的RNA谱A相比，RNA谱 B的患者之间的高度可变性。因此，根据检测前的缺血状况，RNA谱B被认为是不稳定的。 A.2基于结果的建议 该实验说明，RNA谱在外科手术过程中可能变得不稳定。仅在小百分比的个体RNA谱中观察到这 种效应，其中一些RNA谱在肿瘤发生中起作用（数据未显示）。许多变量可以在外科手术过程中影响 RNA分布，例如缺血相关的血管结扎/夹紧引起热缺血期，并且在从体内移除组织后开始冷缺血期。甚 至个体捐赠者的遗传背景也很重要。由于这些变量无法标准化或防止，因此必须记录本文档中描述的这 些检验前参数。 这些参数可用于关联检查中的后期发现或以可疑影响参数相同的方式选择标本。通过这种方式，群 组可以适用于非常敏感的测试，这些测试涉及在获取前阶段不稳定的基因。这些数据可以在医院信 息系统中记录，标本采集管理员必须能够访问这些数据并将其与档案数据相结合。