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SNP单核苷酸多态性检测技术 SNP单核苷酸多态性检测技术 PAGE / NUMPAGES SNP单核苷酸多态性检测技术 .~ 定义： 单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism，SNP），主若是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所惹起的 DNA 序列多态性。它 是人类可遗传的变异中最常有的一种。占全部已知多态性的 90%以上。SNP 在人类基因组中宽泛存在， 平均每 500～1000 个碱基对中就 1 个，预计其总数可达 300 万个甚至更多。 SNP 所表现的多态性只波及到单个碱基的变异，这类变异可由单个碱基的 变换（transition）或颠换（transversion）所惹起，也可由碱基的 插入或缺失所致。但平时所说的 SNP 其实不包括后两种情况。单核苷酸多态性（ SNP）是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括置换、颠换、缺失和插入。所谓变换是指同型碱基之间的变换 ,如嘌呤与嘌呤 ( G2A) 、嘧啶与嘧啶 ( T2C) 间的取代 ;所谓颠换是指发生在嘌呤与嘧啶 (A2T 、A2C 、C2G、 G2T) 之间的取代。从理论上来看每一个 SNP 位点都能够有 4 种不 同的变异形式，但实质上发生的只有两种，即变换和颠换，两者之比 为 2：1。SNP 在 CG 序列上出现最为频频，而且多是 C 变换为 T ， 原因是 CG 中的 C 常为甲基化的，自觉地脱氨后即成为胸腺嘧啶。 一般而言， SNP 是指变异频率大于 1 %的单核苷酸变异。在人类基 因组中大体每 1000 个碱基就有一个 SNP ，人类基因组上的 SNP 总量大体是 3 ×106 个。依照排列组合原理 ,SNP 一共能够有 6 种取代情 ,即 A/ G、 A/ T 、A/ C 、C/ G、C/ T 和 G/ T ,但事实上 ,变换的发生频率占多数 ,而且是 C2T 变换为主 ,其原因是 Cp G 的 C 是甲基化的 , 简单自觉脱氨基形成胸腺嘧啶 T , Cp G 也所以变为突变热点。理论 .~ 上讲，SNP 既可能是二等位多态性， 也可能是 3 个或 4 个等位多态性，但实质上，后两者特别少见，几乎能够忽略。所以， 平时所说的 SNP 都是二等位多态性的 。这类变异可能是变换（ C T，在其互补链上则 G A），也可能是颠换（ C A，G T，C G，A T ）。变换的发生率总是明显高于其他几种变异，拥有变换型变异的 SNP 约占 2/3，其他几种变异的发生几率相似。 Wang 等的研究也证了然这一点。变换的几率高，可能是由于 CpG 二核苷酸上的胞嘧啶残基是人类基因组中最易发生突变的位点， 其中大多数是甲基化的， 可自觉地脱去氨基而形成胸腺嘧啶。 SNP 在动物基因组中分布宽泛 ,每一个核苷酸发生突变的概率大体为 10 - 9 。由于选择压力 ,SNP 在单个基因、整个基因组中以及种群间 的分布是不平均的。 SNP 在非编码区中要多于编码区 ,而且在编码区 也是非同义突变 (有氨基酸序列的改变 ) 的频率比其他方式突变的频 率低得多 [4 ] 。而基因间 ,同一种基因中的编码 SNP (coding SNP ,cSNP) 的数量也不同样 ,可从 0～29 个不等。多项研究同时发现不同样种族间 SNPs 的数量也是不同样的 ,非洲人群及非裔种族中 SNPs 数量最多 ,而其他种群的 SNPs 要少得多 ,所以经过比较亚群间等位基因的频率将有助于说明种族的结构和进化。 在基因组 DNA 中，任何碱基均有可能发生变异， 所以 SNP 既有可能在基因序列内，也有可能在基因之外的非编码序列上。总的来说，位于编码区内的 SNP（coding SNP,cSNP）比较少，由于在外显子内， .~ 其变异率仅及周围序列的 1/5.但它在遗传性疾病研究中却拥有重要意义，所以 cSNP 的研究更受关注。 从对生物的遗传性状的影响上来看， cSNP 又可分为 2 种：一种是同 cSNP（synonymous cSNP），即 SNP 所致的编码序列的改变其实不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列， 突变碱基与未突变碱基的含义同样；另一种是非同义 cSNP（non-synonymous cSNP），指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变， 进而影响了蛋白质的功能。这类改变常是以致生物性状改变的直接原因。 cSNP 中约有一半为非同义 cSNP。 先形成的 SNP 在人群中常有更高的频率，后形成的 SNP 所占的比率较低。各地各民族人群中特定 SNP 其实不是必然都存在，其所占比率也不尽同样，但大体有 85%应是共通的。 2.SNP 自己的特点： 1）SNP 数量多，分布宽泛 。据预计，人类基因组中每 1000 个核苷酸就有一个 SNP