DNA甲基化检测技术应用及技术比较.docxVIP

DNA甲基化检测技术应用及技术比较 DNA甲基化检测技术应用及技术比较 DNA甲基化检测技术应用及技术比较 DNA 甲基化检测技术应用与技术比较 DNA 甲基化作为表观遗传学研究的重要范围， 已经越来 越碰到研究者的关注。近些年来，随着 DNA 甲基化与组蛋白甲基化的结合作用体系、 RNA 搅乱体系及去 甲基化体系的发现，使得 DNA 甲基化研究碰到广泛关注，从医学领域扩展到动植物研究中间，同时在研究方法上也获取了很大的打破。现在用于 DNA 甲基化检测 的方法大概有十多种，从应用上来分，大概能够分成两类：全基因组甲基化解析及特异位点甲基化检测。下面，我们就这两大类检测技术进行解析比较，以便于在实质的科研工作中进行选择。 一、全基因组甲基化检测技术 基于芯片平台的全基因组甲基化优选 芯片平台作为目前比较成熟的优选工具，已经在很多领域有 了相应的应用。多家芯片公司在 DNA 甲基化这块儿有了相 应的产品供应，其中应用最为广泛的就 Agilent 平台和 Illumina 平台，相应的产品包括 Agilent Human CpG Island Microarray Kit ， Infinium HumanMethylation27 BeadChip 和 Infinium HumanMethylation450K BeadChip 。其他 Roche NimbleGen 和 Affymetrix 也有相应的芯片推出，但是 NimbleGen 的芯片今年下半年已经停产。 不一样的芯片平台，各自的实验过程也是不同样的。安捷伦前 期采用的甲基化 DNA 免疫共积淀〔 MeDIP 〕技术。将基因组 DNA 分成两份，一份用来做 MeDIP ，另一份作为比较。 两个样品都标记荧光 (富集的样品 用 Cy5 标记，比较用 Cy3 标记 )，尔后与芯片杂交。芯片上每个探针的 Cy5/Cy3 强度比 例显示出该地域的甲基化程度。 安捷伦公司芯片平台因其富强的 eArray 进行芯片的定制。在甲基化领域同样合用。  探针设计平台， 能够 Agilent 平台因为 MeDIP 技术自己的特点，都不能够到达单碱 基的分辨率，而 Illumina 的 Infinium 和 GoldenGate 检测技 术却做 获取。 Illumina 的 Infinium 甲基化检测技术本源与先期的 SNP 检测，采用的是单碱基延伸的原理。 解析利用两个位点特异的探针检测这些序列差 异的位点，一个探针是为甲基化位点 (M 磁珠种类 )设计的，而另一个是为未甲基化位点 (U 磁珠种类 )设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的 ddNTP ， 它随后被荧光试剂染色。经过计算甲基化与未甲基化位点的 荧光信号比率，可确定检测位点的甲基化水平。 Illumina 公 司早期推出的 Infinium HumanMethylation27 BeadChip 芯片覆盖 27,578 个 CpG 位点。这款芯片在医学 领域有广泛的应用，除了和肿瘤相关的甲基化优选之外，也 能用于其他疾病相关甲基化检 测。因此对这款产品，研究者恩赐了很高的议论，目前此产 品已停产，取而代之的是 Infinium HumanMethylation450 BeadChip 芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中高出 45 万个甲基化位点，实现了基因地域和 CpG 岛的全面覆盖。 其他，还包括 CpG 岛之外的 CpG 位点，在人类干细胞中判断出的非 CpG 甲基化位点，以及 肿瘤和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖 度、高通量以及低价格，让它成为进行全基因 甲基化优选的有力武器。 对照之下， VeraCode GoldenGate 甲基化解析技术更适合中通量的优选及考据研 究，它以以矩阵微珠芯片 (Sentrix Array Matrix(SAM) 〕形式解析 48 至 384 个用户指定的 CpG 位点。 第一，将亚硫酸氢盐办理的基因组 DNA 与解析 oligo 混杂， oligo 与未甲基化位点的 U 互补， 也许与 甲基化位点的 C 互补。杂交此后，引物延伸，并连接上位点 特异的 oligo 来产生通用 PCR 的模板。最后，用标记的 PCR 引物生成可检测的产物。 据 Illumina 的产品专家介绍，其产品的最大优势在于单个 CpG 位点的分辨率。其他解析将 甲基化定位在一段地域，而经过 Illumina 解析，你能精确测 定某个 CpG 位点的甲基化水平。 基于高通量测序平台的甲基化图谱解析 随着二代测序技术的告诉睁开，测序本钱大幅度下降，使得 真切实现全基因组甲基化解析的研究成为可能。随着人类甲 基化图谱绘制成功，已经陆续有多个物种的甲 基化图谱成立完成。