临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识.pdfVIP

临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识 近年二代基因测序 （next-generation sequencing ，NGS ） 技术快速发展，其应用已进展至临床检测，如遗传疾病、实 体肿瘤、血液肿瘤、感染性疾病、人类白细胞抗原分析及非 侵袭性产前筛查等。国内外有关学会已出台相关共识与指南 以推动其在临床中的应用。中华医学会病理学分会和中国抗 癌协会肿瘤病理专委会前期组织病理、临床、生物信息等专 家进行了充分讨论，拟在 NGS 的操作流程、数据处理、结 果解读等方面作规范和建议，以规范 NGS 在分子病理领域 的应用。 临床分子病理实验室 NGS 样本可采用甲醛固定石蜡包埋组 织（ formalin-fixedparaffin-embedded ，FFPE ）、新鲜组织、 各种体液上清液、体液离心细胞块、石蜡包埋标本和血浆 / 血液标本等。 本共识特色是基于病理评估的组织样本 （FFPE 、 新鲜）的规范。测序分析范围基于目前临床需求，本共识着 重在于目标区域测序 （panel ）分析的实践。 随着技术的更新 和应用的成熟，本共识将持续更新以满足临床需求。 一、实验室总体要求 NGS 检测实验室的总体设计与要求应参考 《分子病理诊断实 验室建设指南（试行） 》、《医疗机构临床基因扩增检验实验 室工作导则》 、《个体化医学检测质量保证指南》 、《肿瘤个体 化治疗检测技术指南》 、《个体化医学检测实验室管理办法》 、 《测序技术的个体化医学检测应用技术指南 （试行）》进行。 1.NGS 检测人员的资质要求： NGS 检测技术人员应具备临 床病理学、分子生物学的相关专业大专以上学历，并经过 NGS 技术的理论与技能培训合格。 数据分析人员应具有临床 医学或分子生物学或遗传学知识背景并经生物信息学培训。 最终报告应由中级或硕士以上具有病理学背景、经培训合格 的本单位执业医师或者授权签字人（医学博士学位或高级职 称）审核。 2.NGS 检测实验室的区域设置要求：原则上 NGS 实验室应 当有以下分区：样本前处理区、试剂储存和准备区、样本制 备区、文库制备区、杂交捕获区 / 多重 PCR 区域（第一扩增 区）、文库扩增区（第二扩增区） 、文库检测与质控区、测序 区、数据存贮区。 各工作区空气及人员流向需要严格按照 《医 疗机构临床基因扩增检验实验室工作导则》 。分区可根据实 际情况合并，但是在前处理和建库时，血液样本应与组织样 本分开。 3.NGS 检测试剂及项目要求： 试剂和测序平台均应选择中国 食品药品监督管理总局（ CFDA ）认可产品。涉及到实验室 自配试剂，应该有严格的试剂制备标准操作规程（ SOP ）， 需经过临床实验室自建项目（ LDT ）验证合格才可使用。每 个 NGS 检测项目在验证时需要根据建库方法、测序平台和 分析工具以及不同的突变类型包括，单碱基突变