第二信使分子c-di-GMP诱导GEMM-I核开关调控基因表达的研究.docVIP

PAGE PAGE 13 第二信使分子c-di-GMP诱导GEMM-I核开关调控基因表达的研究 1 序言 细菌中的环二鸟苷酸(cyclic diguanylate,c-di-GMP)是普遍存在的第二信使分子，调节多种生理功能,包括生物被膜形成、细胞分化、致病因子产生等。c-di-GMP 在微生物体内发挥第二信使功能的作用机制[1]。目前发现两种c-di-GMP 受体：效应蛋白 (effector protein)和核糖开关 (简称核开关)[2]；核开关是真核生物体内在转录和翻译水平上调控基因表达和代谢活动的mRNA 元件。第二信使c-di-GMP 作用的核开关是目前唯一发现的不参与代谢活动而参与信号传导的核开关。 2007年，Tamayo 等提出关于c-di-GMP 作用于核开关的假设，随后Sudarsan 等证实了c-di-GMP 核开关的存在， 即GEMM-I 核开关。GEMM- I核开关是第一个发现能结合第二信使基因调控的RNA。GEMM-I 核开关可以不通过任何蛋白质因子而直接结合小分子配体，从而发生构象重排，影响mRNA的活动，进而对基因表达进行调控。与常见的由蛋白质的调控方式相比，核开关响应更直接更迅速，对细胞内小分子代谢物的变化更敏感。 本课题结合近年来c-di-GMP变构调控GEMM-I核开关功能的研究前沿，采用分子动力学模拟方法研究第二信使分子（c-di-GMP）变构调控核开关的结构、探究GEMM-Ⅰ核开关的开式结构，以及从开式结构到闭式结构之间的转换机制。通过该变构传递过程的研究，将为进一步研究核开关调控生物信息传递领域提供理论基础。 2 第二信使分子c-di-GMP简介 环二鸟苷酸(cyclic diguanylate, c-di-GMP)参与多种生理功能的调节，包括细胞分化、致病因子产生、生物被膜形成、细胞形态变化等。近年来对c-di-GMP 的研究，特别是对其信号调控机制的解释受到人们越来越多的重视。 c-di-GMP是由两个鸟嘌呤结合脱去两分子水形成，结构见图1。 图1 c-di-GMP分子结构 c-di-GMP 在微生物体内发挥第二信使功能。已发现c-di-GMP的两类受体：一类是效应蛋白 (effector protein)；另一类是核糖开关 (简称核开关)，是真核生物体内在转录和翻译水平上进行调节基因表达、参与代谢调控的mRNA。目前发现c-di-GMP 核开关是唯一种不参与代谢活动而参与信号传导的一类核开关，其发现有利于解释c-di-GMP生物学功能的多样性。但是对于c-di-GMP 确切调控机制的研究目前还不是十分清楚，有待更进一步的研究。 3 核开关简介 核开关是由耶鲁大学的分子生物学家Ronald Breaher等人的研究成果启发下发现并命名的。核开关由适体域（aptamer domain，AD）和表达平台（expression platform，EP）两部分组成，适体域可以折叠成多维结构，选择性的结合目标代谢物和感知代谢物浓度的变化，具有很高的亲和性及特异性[3]。而表达平台位于适体域的下游，与适体域有重叠。代谢物结合后改变表达平台RNA折叠状况进行调控基因表达。 核开关主要作用机理是核开关与小分子c-di-GMP特异性紧密结合后，发生核开关的构象重排，进而引起核开关所在的mRNA转录终止，形成一个没有活性的短转录物，或者构象重排形成的RNA二级结构，抑制翻译的起始，从而反馈调节与该配体的合成、代谢和转录相关基因的活动[4]。如图3所示，（a）转录的水平上，由于配体的存在，阻挠抗终止子和终止子的结合形成稳定的发夹结构，使RNA聚合酶提前脱落,转录形成没有活性的短转录物。(b)翻译水平上,配体的存在使抗SD序列(anti-Shine-Dalgarno sequence)与SD序列相互结合,导致核糖体不能附着到mRNA上，引起翻译的提前终止[5]。 当核开关适体域未结合小分子配体时，核开关处于开式结构，构象是灵活可变的，可保证配体与其功能团发生交互作用。当核开关适体域结合小分子配体后，核开关结构重排，配体被包裹在核开关结合口袋之内，形成闭式结构是比较稳定有序的。 图2 核开关基因调控机理 (a)转录的过程；(b)翻译的过程 2007年，Tamayo 等提出关于c-di-GMP 作用于核开关的假设，随后Sudarsan 等证实了c-di-GMP 核开关的存在， 即GEMM-I 核开关。Kathryn D. Smith等人在2010年得到GEMM-Ⅰ的晶体结构，GEMM-Ⅰ核开关是由三个螺旋结构（P1，P2，P3）组成，其中，P1、P2及它们之间的环状区域形成“茎-内环-茎”状二级结构，称为“K-turn”结构，即J1/2结构。P1、P3及它们之间的环状区域组成J1/3结构。探测出与