第25章基因结构分析的基本策略.pptxVIP

第二十五章基因结构分析的基本策略;主要内容： 第一节 基因序列结构的生物信息学检索和比对 分析 第二节 基因转录起始点的鉴定 第三节 启动子的结构及功能分析 第四节 编码序列结构分析 ;第一节 基因序列结构的生物信息学检索和比对分析;就是在数据库中对基因序列或DNA序列进行 比对分析，以其能够推测出其结构、功能及在进化上的联系. 比对方法： 1. 双重比对 2. 多序列比对;序列比对的结果： 取代 插入 缺失;NCBI数据库;1. 各种数据库的介绍;(2) Genome;(4) Taxonomy;(7) 文献数据库;2. NCBI数据库检索 ;例如：人EPO基因序列检索;向下拉寻找符合目标的条目;点击此条打开连接;向下拉寻找关注的内容;凡是连接的地方都可以点击查看;Entrez： 是一个用以整合NCBI数据库中信息的搜寻和检索工具 ;Entrez:;BLAST:;BLAST程序;点击核酸序列blast，在框内输入序列：;选择搜索条件：;选择特殊程序：;比较两个序列之间的相似性：; 以上仅简介了NCBI相关数据库及工具软件关于其他数据库及软件工具等信息见书中第二十五章表1-5。;第二节 基因转录起始点的鉴定;主要内容： 一、基因转录起始点的序列特征 二、基因转录起始点的序列分析;一、基因转录起始点的序列特征;II 型启动子的TSS： 没有明确的保守序列 有一种趋势，即mRNA 的第一个碱基是A，其侧翼碱基倾向于是嘧啶 与mRNA第一个碱基对应的位置标记为-1区 -3 ~ +5区域被称作起始子 (initiator);二、基因转录起始点的序列分析;1. cDNA克隆测序;2. cDNA末端快速扩增技术(RACE);Deep-RACE：;5?-RACE adaptor;3.连续分析基因转录起始点 ;(1) 5 ′ SAGE;Gppp;;(2) CAGE;AAAAAAn;;第三节 启动子的结构及功能分析;主要内容： 一、启动子的结构分析 二、启动子的功能分析;启动子（promoter） 是一段能被蛋白质识别的、参与特定基因转录调控的DNA序列 II型启动子通常位于结构基因的上游 共通序列(consensus sequence)是其特征性序列;;一、启动子的结构分析;（一）利用PCR技术克隆启动子;2. 利用TSS钓取启动子;3. 利用环状PCR钓取启动子;（二）利用核酸-蛋白质互作方法研究启动子;1. 用足迹法研究启动子;（1）酶足迹法 (Enzymatic footprinting) ;DNase I 足迹法;;（2）化学足迹法 (Chemical footprinting) ;1）羟自由基足迹法 （Hydroxyl radical footprinting） ;2）体内基足迹法 （In vivo footprinting） ;;2. 用电泳迁移率变动实验研究启动子;;3.用染色体免疫沉淀技术研究启动子;（三）生物信息学预测启动子;1. 启动子的结构特征;2. 启动子的预测分析;二、启动子的功能分析;常用的报告基因;2. 报告基因的应用;启动子捕获技术 (promoter trapping)：是一种研究启动子活性的筛选方法 基本流程： 构建启动子捕获载体 观察报告基因的表达 ;第四节 编码序列结构分析 ;编码序列 (coding sequence)： 通常是指能体现在蛋白质氨基酸序列中的基因信息 ;一、基因编码序列的结构特征;（一）开放阅读框架;分析一段DNA序列中是否存在ORF： 从理论上说，一般需要对双链DNA序列的6种阅读框架进行分析，每一条链分析三种阅读框架 例如：;（二）mRNA选择性剪接的序列特征 ;（三）基因外显子的序列特征;二、基因编码序列的结构分析;小结：