生物医学信息学PPT课件-第一章-生物医学数据的来源、种类及特征.pptx

第一章 生物医学数据的来源、种类及特征 国家卫生和计划生育委员会 “十三五”规划教材 李劲松 周 丽 张 岩 目录 1 第一节：生物医学数据的来源 2 第二节：生物医学数据的种类 3 第三节：生物医学数据的特征 4 第四节：生物医学数据的安全 第一章 生物医学数据的来源、种类及特征 5 第五节：生物医学数据的存储与共享 第一章 生物医学数据的来源、种类及特征 第一节 生物医学数据的来源 第一章 生物医学数据的来源、种类及特征 第一节 生物医学数据的来源 一、临床医疗数据 （一）电子病历数据 电子病历是基于标准术语和知识本体构建的，为了便于电子病历的共享和推广，确保就诊患者的信息能够及时传递和减少医疗失误。包括患者的基本情况、人口信息、入出转数据、诊断、治疗、处方、实验室检查、生理检测数据、临床笔记等。 第一节 生物医学数据的来源 一、临床医疗数据 （二）临床笔记数据 临床笔记，通常也称为病案报告，实际上也是属于电子病历的一部分，是由大量的非结构化自由文本数据组成的，其中包括：医生医嘱、入出转院小结和各种描述性质的分析报告等。这些数据最大的特点在于其非规范性。 第一节 生物医学数据的来源 一、临床医疗数据 （三）医学影像数据 医学影像包含了影像诊断学、放射学、内镜、医疗用热影像技术、医学摄影、显微镜、脑波图与脑磁造影技术等，具有高分辨率、高维度和高稀疏性的特点。 （四）临床试验数据 临床试验数据来源于医学、药学和护理学中的随机对照试验，用于检测某种疗法或药物的效果。 第一节 生物医学数据的来源 二、非临床医疗数据 （五）生物组学数据 生物组学数据包括基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等。 （六）医学文献数据 医学文献数据属于科学数据的范畴，分为标准文献和医学典籍。 第一节 生物医学数据的来源 二、非临床医疗数据 （七）药物研究数据 药学数据产生于临床前研究、临床研究和临床应用三个阶段。临床研究对应的是临床试验数据，临床应用对应的是电子病历数据，临床前研究则可产生化学动力学等数据库。 （八）医疗保险数据 医保索赔数据描述了参保患者与医疗保健服务系统之间可计费的相互作用，主要存在于政府部门和保险公司。 第二节 生物医学数据的种类 第一章 生物医学数据的来源、种类及特征 第二节 生物医学数据的种类 文字类生物医学数据内容丰富，多数是大量的非结构化的自由文本数据，比如医生医嘱、处方、入出院小结和各种描述性的分析报告等，此类数据最遭人诟病的是其非规范性。 尽管目前自然语言处理等算法对这种文本数据应用有一定作用，但仍存在每次分析数据量不够大、人工干预程度高等缺点，亟待开发新的算法以满足新的需求。 一、文字类数据 二、数据和表单类数据 此类数据多来自于各级医疗服务系统以及政府公共卫生部门的人口信息统计等，典型的便是从电子病历中抽取的个人信息、实验室检查、生理监测、统计表格等结构化数据。 第二节 生物医学数据的种类 三、图像类数据 图像类数据主要是心电图、磁共振等医学影像，属于逆问题推演，即从结果（观测影像信号）推出成因（活体组织特性），如X线片、血管造影、CT、PET、磁共振成像等。 具有高分辨率、高维度和高稀疏性，也表现出数据的海量性、图像特征表达的复杂性等特点。 第二节 生物医学数据的种类 四、声音类数据 主要有心音和肺音等。 现已有相关研究设计出心音、肺音和胎心音的采集及管理系统，将声音信号转化成电信号，进而传输到手机终端或云端，完善人体健康管理报告，方便实时查询。 第二节 生物医学数据的种类 五、组学类数据 “组学”的词根“-ome”表述的是集合的概念，包括基因组学、延伸出转录组学、蛋白质组学等。如基因组学即为基因序列的集合。 目前，由于DNA测序技术发展最为成熟，在医学生物学中以基因组学和转录组学研究最多。组学对于人类从分子水平上全面地认识自我具有重要意义。 第二节 生物医学数据的种类 第三节 生物医学数据的特征 第一章 生物医学数据的来源、种类及特征 一、大数据的五个“V”特征 （一）数据容量大（volume） 医疗信息技术的飞速发展，电子病历等医疗信息系统的迅速普及，导致产生了极大容量的生物医学数据。截至2014年，全国医疗机构总数为96.2万家（其中医院为2.4万家），仅2016年一年，全国医疗卫生机构总诊疗人次就达到79.3亿人次。同时，每个个体产生的数据也有较大容量。 第三节 生物医学数据的特征 一、大数据的五个“V”特征 （二）数据结构多样（variety） 包括结构化数据、非结构化数据、半结构化数据、医疗影像等多种形式。 （三）增长速度快（velocity） 医疗服务中会产生大量实时数据，因此临床数据的增长速度极快。例如，监护仪产生的生命体征