计算化学的应用.pptxVIP

1;计算化学的应用;化学 生物 材料;在化学中的应用;1.验证实验结果 2.计算结构和性质 3.理论预测分子设计 4.研究反应机理;通过计算可得到 1.几何结构, 分子轨道, 电荷密度, 偶极矩, 生成热,质子亲和势, 电离能,电子亲和能,热力学数据, 垂直激发能,溶剂化自由能,物质的酸性pKa, 芳香性,磁性质等等...... 2.可计算红外光谱,拉曼光谱,紫外可见光谱,NMR谱……;化合物性质的预测;它的键长、键角分别是多少 ? 它有异构体吗 ? 哪个异构体更稳定? 光照射后发射荧光还是 磷光? 需要多少nm的光才能发生光 分解 ?;第8页/共103页;势能面图;苯甲酸单体不发射荧光，只有磷光;C6H5COOH ? C6H6 + CO2 (1) ? C6H5CO + OH (2) ? C6H5 + COOH (3);第12页/共103页;反应机理研究;;;;;轨道分析-CO2和炔烃耦合反应的本质;在生物中的应用;;;生命科学中的重要研究方向;1.1. 蛋白质和核酸三维结构预测;一级结构;肽链折叠过程;蛋白质折叠过程的反演： 折叠的蛋白质展开逆过程的分子动力学模拟;溶剂化效应的分子动力学模拟：时间尺度;酶催化反应机理：酶分子的结构特点;蛋白质与小分子相互作用-- 创新药物的研究与发现从过去相对盲目地大量合成，大量筛选发展为首先确定药物作用的靶分子，在此基础上来设计、筛选药物物分子的计算机辅助设计;脑红蛋白和CO结合机理的QM/MM研究;;最为大家所熟悉的就是肌红蛋白和血红蛋白;新近发现的两个蛋白，脑红蛋白(Ngb)和胞红蛋白(Cgb);胞红蛋白 (JBC, 2001, 276, 25318 - 25323);E;1.课题背景;野生型;;k(E7 结合);J. Biol, Chem. 2001, 276, 36377 – 36382.;2. 待解决的问题;3. 研究思路;计算所采取的模型和参考的晶体结构;桔黄色：晶体构型(1q1f) 蓝色： Im-FeP-Im...CO(S);4.脑红蛋白和CO的结合机理;分步机理 DFT(QM/MM);Im-FeP-Im…CO(T);QM-6-31G**-PCM(模型-6-31G**) ;;4.脑红蛋白和CO的结合机理;在材料科学中的应用;1.计算固体各种性质 能带图态密度 2.模拟固体吸附气体的物理化学行为 3.计算设计固体材料结构;LST/QST: H2 Adsorption on Pd (111);;(n,0) zigzag nanotube ;第56页/共103页;第57页/共103页;第58页/共103页;计算与实验的合作;钌催化芳基和烯基叠氮化合物 分子内C-H键胺???机理的理论研究; 1.课题背景; 然而，烯基和芳基中C-H键的胺化是较少被研究的;;; 反应机理;;;cis-17和trans-17两种异构体按照1:1比例混合，反应得到一种异构体18; 共振式C1和C2;第70页/共103页; 共振式---反应机理 ;;;; ;;; 实验和计算都认为反应是按分步机理进行的 C-N键的形成是类似电环化的反应;常用计算软件的介绍;Ψ; ;NH3的几何构型优化输入窗口;NH3的振动频率计算输入窗口（作为优化的后继作业）; ;摘自Gaussian手册; ;显示 Gaussian 计算结果; ; ; ; ;HyperChem;构建分子模型及优化构型;二面角;球模型;Databases;Databases;理论方法;3D 表面;Orbital;Electronic Spectrum;;感谢您的观看。