第七章蛋白质工程制药演示文稿.pptVIP

疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及表面及不可及表面。 在金属蛋白中，配位残基的替换要满足金属配位几何。 对于金属蛋白，围绕金属中心的第二壳层中的相互作用是重要的。 最优的氨基酸侧链几何排列 结构及功能的专一性。 当前30页，共75页，星期日。 三、蛋白质设计中的结构－功能关系研究 蛋白质结构－功能关系的重要性 蛋白质的序列、三维结构，热力学及功能性质之间的关系是目前广泛关注的热点。它对于蛋白质工程及蛋白质设计都是非常重要的。对蛋白质结构与功能的认识过程始于蛋白质中重要功能残基及蛋白质与其他分子相互作用的确定。 当前31页，共75页，星期日。 定位突变在蛋白质结构与功能关系研究中的作用 通过定位突变替换单独的氨基酸残基是分析功能残基的有力工具。选择突变残基，最重要的信息来自结构特征。因此如果蛋白质的立体结构是未知的，则突变功能残基的研究带有不确定性。 当前32页，共75页，星期日。 定位突变种类 插入一个或多个氨基酸残基； 删除一个或多个氨基酸残基； 替换或取代一个或多个氨基酸残基。 最大量的定位突变是在体外利用重组DNA技术或PCR方法。 当前33页，共75页，星期日。 突变蛋白质结构的评估 溶解性 热力学分析 Ｘ射线晶体学及ＮＭＲ谱 园二色谱方法 单克隆抗体探测构象变化 当前34页，共75页，星期日。 热力学分析可以用于测量突变蛋白质的热稳定性及化学变化自由能，并可作为构象整体性的检测。 X射线晶体学及NMR谱可以直接提供突变蛋白的高分辨率结构及评估结构整体性。 圆二色谱方法是可用于分析突变体结构的另一生物物理方法。 当前35页，共75页，星期日。 蛋白质中功能残基的鉴定 根据已知结构信息确定功能残基 突变法鉴定功能残基 利用蛋白质同源性鉴定功能残基 当前36页，共75页，星期日。 不同动物胰岛素在A链中的差异 羧基端 当前37页，共75页，星期日。 四、天然蛋白质的剪裁 什么是分子剪裁：分子剪裁是指在对天然蛋白质的改造中替换1个肽段或一个结构域。 将小鼠单克隆抗体分子重链的互补决定簇用基因操作方法插到人的抗体分子的相应部位上，使得小鼠单抗分子所具有的抗原结合专一性转移到人的抗体分子上。这项实验有重要的医学价值。 当前38页，共75页，星期日。 结构域由α螺旋、β折叠等二级结构单位按一定的拓扑学规则构成的三维结构实体。 构域是蛋白质分子中一种基本的结构单位，结构域拼接是通过基因操作把位于两种不同蛋白质上的几个结构域连接在一起，形成融合蛋白，它兼有原来两种蛋白的性质。 五、结构域的拼接 当前39页，共75页，星期日。 当前40页，共75页，星期日。 六、结构与功能的容忍度 蛋白质结构及功能对残基的替换有一定的容忍度，即结构与功能关系有一定的稳健度。 当前41页，共75页，星期日。 Fersht等替换了Barnase的所有内核残基。结果表明23％的突变体保留了酶的活性。 Mathews及其合作者在溶菌酶内核中替换多至10个残基。实验证明多重取代的蛋白仍具有活性以及协同折叠。 当前42页，共75页，星期日。 全新蛋白质设计 一、特征 全新蛋白质设计是另一类蛋白质工程，合成具有特异结构与功能的新蛋白质。根据所希望的结构及功能设计蛋白质或多肽的氨基酸序列。 当前43页，共75页，星期日。 全新蛋白质设计是根据所希望的结构及功能设计序列，称反折叠研究。蛋白质的功能是直接与它的三维结构相关的，通过序列的改变来操纵结构提供功能的多样性。基于天然蛋白质结构改造的蛋白质工程可以优化蛋白质的活性，改善它们的药效动力学性质。而全新蛋白设计是另一类蛋白质工程，它合成具有新奇的结构与功能的新蛋白质。 当前44页，共75页，星期日。 二、 蛋白质的全新设计内容 蛋白质结构的从头设计 蛋白质功能的从头设计 当前45页，共75页，星期日。 三、蛋白质结构的从头设计 １．二级结构模块单元的自组装 ２．配体诱导组装 ３．通过共价交叉连接实现肽的自组装 ４．在合成模板上肽的组装 ５．线性多肽折叠为球状结构 ６．基于组合库的全新蛋白质设计 当前46页，共75页，星期日。 设计一个新奇的蛋白质结构的中心问题是设计一个具有稳定及独特的三维结构的序列。要达到这个目标需要克服的基本障碍是线性聚合链的构象熵。例如，如果在具有100个残基的蛋白质中每个残基采取10个可能构象中的一个构象，则这条链折叠成为确定的三维构象所消耗的熵是568.48kJ／mol。这个数字代表不合适的自由能的真实的量。因