IL6作用机制的生物信息学及其与上皮性卵巢癌分期进展关系研究.docVIP

IL6作用机制的生物信息学及其与上皮性卵巢癌分期进展关系研究 目录 TOC \o 1-9 \h \z \u 目录 1 正文 1 文1：IL6作用机制的生物信息学及其与上皮性卵巢癌分期进展关系研究 2 1、资料和方法 2 2、结果 4 3、讨论 6 文2：生物信息学进展浅论 9 一、生物信息学的产生 9 二、生物信息学研究内容 9 （一）序列比对 9 （二）结构比对 9 （三）蛋白质结构预测 10 （四）计算机辅助基因识别 10 （五）非编码区分析和dna语言研究 10 三、生物信息学的新技术 10 （二）基因的功能分析 11 （三）新的数据工具 12 参考文摘引言： 12 原创性声明（模板） 14 文章致谢（模板） 14 正文 IL6作用机制的生物信息学及其与上皮性卵巢癌分期进展关系研究 文1：IL6作用机制的生物信息学及其与上皮性卵巢癌分期进展关系研究 卵巢癌是致死率高的妇科肿瘤，对患者生理及心理产生巨大的危害。卵巢癌组织来源复杂，包括上皮性、间质性、生殖细胞来源。其中，上皮性卵巢癌(EOC)是最常见的组织类型，占卵巢肿瘤的50%～70%，卵巢恶性肿瘤的90%～95%[1]。EOC发病隐匿，缺少令人满意的肿瘤标志物，制约着EOC预后的改善，近15年我国卵巢癌生存率未见升高[2]。挖掘EOC发生、发展的调控分子，对寻找体外预警和监测方法等转化医学具有重要意义。炎症与肿瘤的关系是近些年的研究热点。炎性微环境在肿瘤的恶性演进中发挥促进作用，这一观点被越来越多的模型证实[3]。天然免疫应答细胞释放的炎性因子以旁分泌和自分泌的方式控制肿瘤的生长。其中，白细胞介素-6(interleukin-6，IL-6)被认为是衔接炎症与肿瘤最为核心的炎症因子。然而，既往关于EOC中IL-6的临床报道多为简单地比较外周血或腹水中IL-6水平的高低差异[4]，或用以评估预后表现[5]，缺乏与EOC分期整体性的相关性分析，而且对IL-6水平增高的成因阐述薄弱，其生物学意义尚待深入研究。本研究从EOC血清样本出发，初步分析IL-6随分期进展的变化趋势，借助高效的生物信息学分析手段，进一步从基因层面分析IL-6的水平差异，为开发IL-6在EOC中的潜在价值提供新线索。 1、资料和方法 血清中IL-6的水平检测 选取武警特色医学中心妇科2017年2月—2018年6月间收治的原发性EOC患者21例，中位年龄51(25～77)岁。按国际妇产科联盟(FIGO)2013年版手术-病理分期标准，Ⅰ期7例，Ⅱ期5例，Ⅲ期6例，Ⅳ期3例。另收集我院同期收治的卵巢良性疾病患者12例作为阳性良性对照组，中位年龄42(17～60)岁，包括卵巢良性粘液性囊腺瘤4例、卵巢单纯囊肿4例、巧克力样囊肿2例及卵巢纤维瘤2例。健康体检妇女30例作为正常对照组，中位年龄44(24～70)岁。所有对象均排除心、肝、肾等重要脏器疾患，不合并自身免疫性疾病，近期无感染。采血前均未行手术、放疗或药物治疗。均与患者签署知情同意书，研究经医院伦理委员会批准。 抽取受检者的静脉血3mL于促凝采血管中，3000min离心10min，再取1mL上清于无酶冻存管中，-80℃保存。待所有血样收集完毕后，整批采用ELISA法检测IL-6水平。人类IL-6免疫检测试剂盒购自美国RDSystems公司，OD值检测使用美国ThermoScientific公司的全自动酶标仪，具体操作严格按说明书。每个样本以3次检测的平均值作为其血清IL-6的水平。 病理组织中IL-6基因表达水平及生物信息学分析 从公共基因表达(GEO)(http:./geo/)数据库下载EOC组织芯片数据集:GSE9891(285例)、GSE26193(107例)、GSE54388(16例)。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库(https:/)下载Nature杂志发文总结的卵巢癌mRNA表达RNASEqV2数据集，包含489例高级别浆液性卵巢癌组织，覆盖不同的FIGO分期，其中198例包含脉管浸润的病理信息。 对各数据集样本的IL-6mRNA水平由高到低进行排序，前50%的样本作为高表达组，后50%的样本作为低表达组。对于GEO数据库的3个数据集，通过GEO2R分析平台(https:./geo/geo2)提取IL-6高、低分组间的差异基因。对于TCGA的数据集，利用R语言的Limma程序包提取差异基因。按照FDR1的标准进一步筛选出各数据集中差异明显的基因绘制Venn图，选取在3个及以上数据集的交集基因用于后续分析。 使用DAVID在线生物信息学分析工具(https:)对筛选出的IL-6高、低表达组间的差异基因进行生物学注释和分类，分别完成