第十章基因组学、蛋白质组学和生物信息学.pptVIP

蛋白质组学及其研究进展 * 第二十二页，共六十八页。 蛋白质组学的含义 蛋白质组(Proteome)一词最早由澳大利亚学者 Ｗｉｌｋｉｎｓ等于1994年提出,指的是由一个基因组geneome或一个细胞、组织表达的所有蛋白质 功能蛋白质组学的提出及概念 功能蛋白质组学是指研究在特定时间、特定环境和实验条件下细胞内表达的全部蛋白质。 * 第二十三页，共六十八页。 蛋白质组学研究的内容 蛋白质表达模式(或蛋白质组组成)的研究 蛋白质组组成的分析鉴定是蛋白质组学中的与基因组学相对应的主要内容。它要求对蛋白质组进行表征,即实现所有蛋白质的分离、鉴定及其图谱化。 双向凝胶电泳(2-DＥ)和质谱(Mass spectrometry)技术是当前分离鉴定蛋白质的两大支柱技术 蛋白质组功能模式(目前主要集中在蛋白质相互作用网络关系)的研究 * 第二十四页，共六十八页。 蛋白质组学研究的手段 蛋白质组研究的核心──用于分离的双向电泳(2 -DE) 蛋白质组研究的百科全书———数据库(database) 蛋白质组技术的支柱———质谱鉴定技术(Identication) 蛋白质组技术的规模———高流通量筛选(HTS) * 第二十五页，共六十八页。 蛋白质组研究的基本技术路线 蛋白质样品的制备 双向电泳 图像分析 转印至膜上的蛋白 凝胶中的蛋白 溶液中的蛋白 混合肽 蛋白质质量 N端测序 肽序列质谱数据 肽指纹图 数据搜索 新的或已知蛋白 蛋白转录后修饰的鉴定 * 第二十六页，共六十八页。 　 原核及简单真核生物的蛋白质组研究 流感嗜血杆菌的蛋白质组研究 大肠杆菌的蛋白质组研究　 致病微生物的蛋白质组研究 酿酒酵母的蛋白质组研究 多细胞真核生物的蛋白质组研究 线虫的蛋白质组研究 果蝇的蛋白质组研究 　 人类的蛋白质组研究 　 植物的蛋白质组研究 * 第二十七页，共六十八页。 生 物 信 息 学Bioinformatics 一、生物信息学的概述 二、生物信息学研究内容 三、生物信息学数据库 四、生物信息学数据库工具与分析软件 参考书： 黄韧 薛成等 《生物信息学网络资源与利用》 中山大学出版社 赵国屏 等 《生物信息学》 科学出版社 * 第二十八页，共六十八页。 * 第二十九页，共六十八页。 1、概述 生物信息学（Bioinformatics）是生物学与计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科。它通过对生物学实验数据的获取、加工、存储、检索与分析，进而达到揭示这些数据所蕴含的生物学意义的目的。 两个推动力：HGP、生物医药工业 * 第三十页，共六十八页。 生物信息学的发展历程 生物信息学自诞生以来，经历了三个阶段： 基因组前期的生物信息学：主要是序列分析、数据库的查询、计算机操作和PC的应用； 基因组年代的生物信息学：主要是基因的寻找、数据与数据之间的比较、网络相互界面（Interface）； 后基因组年代的生物信息学：主要是数据的挖掘、表达、数据多样性的分析、相互交叉数据分布的总结与分析。其研究的内容不仅包括基因的查寻和同源性分析；而且进一步到基因和基因组的功能分析，即所谓的功能基因组学研究。 * 第三十一页，共六十八页。 国外发展现状 欧美各国及日本相继成立了生物信息中心，如美国的国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Informatics，NCBI）、欧洲生物信息学研究所 (European Bioinformatic Institute，EBI)、日本信息生物学中心（Center for Information Biology，CIB）等。NCBI、EBI和CIB相互合作，共同维护着GenBank、EMBL、DDBJ三大基因序列数据库。它们每天通过计算机网络互相交换数据，使得三个数据库能同时获得最新数据。此外，他们每年召开两个年会讨论合作事宜。 * 第三十二页，共六十八页。 国内的一些科研单位 * 第三十三页，共六十八页。 * 第三十四页，共六十八页。 二、 研究内容 生物信息的收集、存储和管理 基因组序列信息的提取和分析 序列的注释和比对：两个序列的比对：BLAST和FASTA；多序列比对：ClustW 序列的拼接 基因区域的预测：外元、启动子、拼接位点 基因的电子克隆；拼接EST序列 非编码区分析和DNA语言的研究 分子进化和比较基因组学 功能基因组的相关信息分析 生物大分子结构模拟和药物设计 生物信息分析的技术和方法 * 第