《后基因组研究》.ppt

后基因组研究 任务与目标 人类对自身的认识过程 目前的研究内容 基因的cDNA 基因cDNA的克隆 基因cDNA的功能预测 基因的功能研究方法 基因转录调控研究 基因相互作用的研究 基因功能研究的应用 一， 破解贮存于基因组之中的遗传语言， 这种语言不同于现在人类已知的所有语言； 二， 识别、分离、鉴定和克隆所有基因（现 在只克隆出一万多个）； 三，搞清每个基因的功能及基因之间的相互作 用和相互关系。 任务与目标 人类对自身的认识过程 整体水平 细胞水平 分子水平 器官水平 一，基因的cDNA 1，识别、分离、鉴定和克隆所有基因, 2，确定所有基因的功能， 3，确定所有基因的表达谱及调控机制。 二，基因的多态性 1，多态性的种类及定位， 2，基因的多态性与功能的联系， 3，单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms SNPs）。 目前的研究内容 基因的cDNA 转录调控区 基因表达区 起动子 促进子 外显子 3 外显子 2 外显子 1 内含子 内含子 转录起始点 真核基因的结构 基因cDNA的克隆 cDNA的概念 转录，剪接 逆转录 （用TTTTTT引物） cDNA第一链 外显子 以cDNA第一链为模板， 合成互补的cDNA第二链 3’ 引物 5’ 引物 基因cDNA的意义 人工地翻译基因编码蛋白质 1，研究基因编码蛋白质的功能 2，从核苷酸水平研究基因功能 3，扩増基因 4，生产基因重组的产品 研究基因的功能实际上是通过研究基因的cDNA来实现 大规模克隆基因cDNA的策略 估计人体有30亿对核苷酸，10万个 基因，迄今克隆得约 1万多个基因 必须克服的障碍： 1，低丰度mRNA基因的克隆--- mRNA的富集 2，避免大量的重复---差减法 3， cDNA的全长完整性---cDNA第二链的合成 4，大规模测序---高通量测序仪的应用 基因cDNA的功能预测 Bioinformatics 核苷酸水平 1， cDNA全长完整性 2，阅读框（ORF，open reading fram） 3，核苷酸序列同源性比较 4，染色体定位 蛋白质水平 1，氨基酸序列同源性比较 2，功能域预测 3，信号肽预测 4，亚细胞结构定位 生物信息学（Bioinformatics)分析 第22号染色体 Chromosome 22 Gene and Predicted Gene 22号染色体至少 bp, 按人体共有30亿 bp，10万 条基因估算，应有 900基因, 而生物信息学预测 237基因。因此 还需用其它方法确定基因，cDNA克隆就起很大的作用。 基因的功能研究 基因表达谱用于功能研究 1，组织、细胞表达谱 2，差异的组织、细胞表达谱 3，诱导的细胞表达谱表达谱 专用技术 1，SAGE分析 2，生物芯片技术 基因芯片，细胞芯片，组织芯片 3，其它 Serial Analysis of Gene Expression (SAGE)用于 定量地、平行地分析大量的转录本。若要知道一种 组织，器官或细胞的基因表达谱，首先从组织细胞 里分离出短转录本，归类、连接并克隆。测定数千 个克隆的DNA序列就可以了解代表这种组织、器官 或细胞的功能的基因表达谱。所以SAGE提供了一 种广泛应用的工具，定量地分析比较各种正常组织 细胞，各种发育状态和各种病理状态下的基因表达 谱。/网站搜集了大量的SAGE供 研究者检索。 Serial Analysis of Gene Expression (SAGE) Description of SAGE Serial analysis of gene expression (SAGE) is a method for comprehensive analysis of gene expression patterns. Three principles underlie the SAGE methodology: 1) A short sequence tag (10-14bp) contains sufficient information to uniquely identify a transcript provided that that the tag is obtained from a unique position within each transcript; 2) Sequence tags can be linke