Lefse分析R语言全套稳定版.docVIP

Lefse分析R语言全套稳定版 写在前面 这段时间比较忙，宝贝女儿出生了，所以推文有些慢，但是出来就给大家好东西。比如下面的： lefse分析之前我写过很多了，用R语言重现分析内容，做树图，做柱状图等，但是之前的版本好多人用过后都说不够稳定，因此，这里我重新写一个lefse全套功能，可以解决之前的问题，具体如下： 之前LDA判别分析参数设置比较少，这次完善 之前出树图往往错误比较多，尤其是做真菌，细菌群落种同时具有古菌等，这是物种分类如果有多个界的情况下没有进行很好的处理，之前依赖的构建树函数换为Y叔的R包MicrobiotaProcess，用其中的函数构建树骨架。 对骨架添加阴影，注释等，我改写了函数clade.anno为clade.anno_wt，这些都让树图出来的非常流畅。 本次再不同分类等级之间使用Rank 分隔符进行分隔，很好的匹配注释数据，后续可以添加更多花样 本次更新，可以对不同分类等级的微生物数据都进行lefse分析（这个函数我单独写了下，参见三人成师培训课程，尚未公开分享，如感兴趣，可私聊我） 实战 library(ggpubr) library(patchwork) library(MicrobiotaProcess) library(ggClusterNet) library(phyloseq) library(ggtree) library(ggtreeEx