上海海洋大学分子生态学课件-20分子生态学+系统发生树.pptVIP

第四节 二叉树遗传谱系进化关系也可以通过系统发育（phylogeny）重建从DNA序列上获取。一、系统发育分析系统发育分析就是根据特征或距离数据确定其基因、物种起源和发生关系的方法。分子系统发育分析直接利用从核酸或蛋白质序列提取的信息作为物种的特征，通过比较生物大分子的序列，分析序列之间的关系，构造系统发育树，进而阐明各个物种的进化关系。 rRNA为细胞所共有，其功能同源且最为古老，既含有保守序列又含有可变序列的分子大小适合操作，它的序列变化与进化距离相适应，保守性能够反映生物物种的亲缘关系，为系统发育重建提供线索，高变性则能揭示出生物物种的特征核酸序列，是属种鉴定的分子基础。 第四节 二叉树遗传谱系进化关系也可以通过系统发育（phylogeny）重建从DNA序列上获取。 第四节 二叉树二、分层二叉树在研究生物系统发育过程中，常用一种树状分图来概括各生物之间的亲缘关系，这种表征物种或序列进化关系的树状分支图就称为系统发育树（系统树或进化树）。系统发育推断主要是以分层二叉树的形式进行描述。分层二叉树反映的就是一系列分支过程，即一个谱系分化成两个子代谱系。 二叉树由节点和分支组成，节点表示进化过程中一个物种分歧为两个独立繁衍的物种，节点之间的连线代表物种之间的进化关系。蜻蜓的系统发育树节点分支 分支节点第四节 二叉树 第四节 二叉树 第四节 二叉树单系群（Monophyletic group，也称为单系类群）在支序分类中指的是一个分类单元（Taxon），其中的所有物种，只有一个共同的祖先，而且它们就是该祖先的所有后代并系群（Paraphyletic group，也称为并系类群）是支序分类中的一种分类单元，此分类群中的成员皆拥有“最近共同祖先”，但该群中并不包含此最近共同祖先之所有后代。 无脊椎动物鱼类总鳍鱼类爬行动物哺乳动物鸟类恒温动物 进化分支图系统发生图计时图第四节 二叉树 第四节 二叉树二、分层二叉树 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法序列相似性搜索（blast）和序列比对（Align）：当序列拥有同一个祖先序列时，往往在序列、结构和生物学功能上具有相似性。对于测序获得的新序列可以通过序列相似性搜索（如NCBI的blast搜索），在数据库中找到功能和结构信息已知的相似序列，作为预测新序列结构和功能的基础。获得相似性序列以后，再对这些序列进行比对。 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法Mega软件比对序列 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法Mega软件构建系统发育树方法 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法距离法（neighbor-joining tree）：以距离系数矩阵为基础的系统发育分析方法，它首先获得一组序列中两两间的差异，然后根据差异数值构建系统发育树。距离法比较简单，对进化过程没有其他更多的假设。因此，遵循不同进化规律的数据集或模型中参数的改变对分析结构影响较小。距离法既用于多序列比对，也用于系统发育树分析。非加权算数平均分组对法、邻近归并法、Fitch-Margoliash法是依据距离矩阵构建系统发育树的三种主要方法。 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法最大简约法（ Maximum Parsimony）：通过最小化序列中产生可观测变异所需要的步数来构建进化树，因而该方法也称为最小进化法。首先对选择序列进行多序列比对，从而确定哪些位置是相对应的，按照最小进化的需求处理可观测的变异，确定系统发生的关系，照此分析比对结果中所有信息位点，最终从全部信息位点构建出的系统树中鉴别出整体变异数最小的树。只适用于关系密切的种类或序列之间的系统发育分析。 第四节 二叉树三、构建系统发育树的方法 分子序列的分析系统发育树的构建序列比对距离法最大简约法极大似然法极大似然法（ Maximum Likelihood ）：通过概率计算来找到最能反映一组序列中变异的系统树，需要对多序列比对结果的每一个垂直列进行分析，采用标准的概率模型分析序列中的多种变异。通过新突变点出现的概率非常小，因此对于比对结果中每一位置序列的改变都要加以考虑。极大似然法要穷尽所有可能的树，因此运算量极大，主要适用于序列数目较少的情况。