蛋白质的三维结构.pptxVIP

蛋白质的三维结构;第5章 蛋白质的三维结构;一、研究蛋白质构象的方法 ;基本规律：X射线穿过原子平面层时，当光程差等于波长的倍数，反射波可以互相叠加形成衍射斑点。如图5-2所示，光程差等于2dsinθ,上述规律可总结为Bragg方程： 2dsinθ=nλ(n=±1, ±2, ±3…);(二)研究溶液中蛋白质构象的光谱学方法 ;3.圆二色性;圆偏振光可看成是相位相差90o的两个平面偏振光叠加而成，若左、右圆偏振光因被测物的吸收而振幅不同，二者叠加会形成椭圆偏振光。 椭圆率θ=短轴/长轴 =tanθ ≈33cl?ε(适合于小的θ， ?ε= εR? εL，c为摩尔浓度，l为光程，ε 为摩尔吸光系数） 摩尔椭圆率[θ]λ=θ/cl×100=3300 ?ε;4.核磁共振(NMR); 二、稳定蛋白质三维结构的作用力 ;（三）疏水作用(熵效应) （四）盐键 （五）二硫键;三、多肽主链折叠的空间限制 ;（二）可允许的φ和ψ：拉氏构象图;(二)可允许的φ和ψ值：拉氏构象图 ;四、二级结构：多肽链折叠的规则方式;;*;2.α螺旋的偶极矩和帽化;3.α螺旋的手性;4.影响α螺旋形成的因素：R基太小使键角自由度过大，带同种电荷的R基相互靠近，β碳原子上有分支均不利于形成α螺旋，含脯氨酸的肽段不能形成α螺旋。;5 .其他类型的螺旋; ;?-折叠有两种类型。一种为平行式，即所有肽链的N-端都在同一边。另一种为反平行式，即相邻两条肽链的方向相反。反平行式较稳定。;第23页/共86页;第24页/共86页;(三)β转角和β凸起 ; (四) 无规卷曲 无一定的规则,但对一定的球蛋白而言,特定的区域有特定的卷曲方式.;五、纤维状蛋白质; ;原纤维;第30页/共86页;第31页/共86页;第32页/共86页;(二) 丝心蛋白和其他β-角蛋白：β折叠片蛋白质 ;;(三) 胶原蛋白： 胶原蛋白的二级结构是由三条肽链组成的三股螺旋，这是一种右手超螺旋结构。螺距为8.6nm，每圈每股包含30个残基。其中每一股螺旋又是一种特殊的左手螺旋，螺距为0.95nm，每一螺圈含3.3个残基,每一残基沿轴向的距离为0.29nm。一级结构分析表明，?肽链的96%都是按三联体的重复顺序：(g1y-x-y)n排列而成。Gly数目占残基总数的三分之一，x常为Pro，y常为Hpro(羟脯氨酸)和Hlys（羟赖氨酸）。 ;原胶原蛋白分子在胶原纤维中都是有规则地按四分之一错位，首尾相接，并行排列组成纤维束。这样通过1／4错位排列便形成间隔一定的（大约70nm)电子密度区域，而呈现横纹区带。;第37页/共86页;第38页/共86页; 胶原蛋白属于结构蛋白质，使骨、腱、软骨和皮肤具有机械强度。胶原蛋白至少包括四种类型，称胶原蛋白I、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ。腱的胶原纤维具有很高的抗张强度(tensile strength)，约为20-30kg／mm2，相当于12号冷拉钢丝的拉力。骨铬中的胶原纤维周围排列着羟基磷灰石(hydroxyapatite，Ca10(PO4)6(OH)2）结晶。脊椎动物的皮肤含有编织比较疏松，向各个方向伸展的胶原纤维。血管亦含有胶原纤维。;胶原蛋白的共价键;第41页/共86页;吡啶啉是由一个原胶原的N末端区和另一个相邻的原胶原的C末端区之间形成。;(四) 弹性蛋白 ;;（五） 肌球蛋白和原肌球蛋白;第46页/共86页;胰蛋白酶;黄色是轻链结合部位，品红色是轻链调节部位，其余为s1头部。;第49页/共86页;有些纤维状蛋白质是由球状蛋白质聚集而成的;六、超二级结构和结构域 ;第52页/共86页;第53页/共86页;(二) 结构域 ;;七、球状蛋白质与三级结构 ;;第58页/共86页;3.全β-结构;伴刀豆凝集素;链霉属枯草杆菌蛋白酶;4.富含金属或二硫键的蛋白质;(二) 球状蛋白质三维结构的特征 1.含多种二级结构元件; 2.具有明显的折叠层次; 3.球蛋白分子是紧密近似球状的实体; 4.疏水侧链在分子内部,亲水侧链在分子表面; 5.分子表面有空穴,是结合底物,效应物等配体,行使生物学功能的活性部位,空穴通常是一个疏水的区域。;八、膜蛋白的结构 1.具有单个跨膜肽段的膜蛋白;2.具有7个跨膜肽段的膜蛋白;3. β桶型膜蛋白-膜孔蛋白;(二) 脂锚定膜蛋白 ;第68页/共86页;第69页/共86页;疱症性口炎糖蛋白;九、蛋白质折叠和结构预测 ;7?5?3?1种可能连接方式中的1种;(二) 氨基酸序列规定蛋白质的三维结构 ;(三) 蛋白质折叠的热力学;(四) 蛋白质折叠的动力学 1.折叠不是随机搜索的过程。 2.折叠时先形成局部二级结构