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生物信息学资源与数据挖掘工具;一、国外重要生物信息中心;NCBI;EBI;NIG;其他重要中心;二、数据库目录;NAR数据库专辑;其他数据库列表;三、常用序列格式;FASTA序列格式;多序列FASTA;FASTA序列格式中的核苷酸表示法;FASTA序列格式中的氨基酸表示法;PHYLIP序列格式;四、核酸数据库;国际核苷酸序列数据库联盟;GenBank主页;GenBank结构;GenBank查询(1);GenBank查询;第二十二页，共一百一十五页，2022年，8月28日;GenBank查询：Protein;GenBank序列格式;GenBank查询;第二十六页，共一百一十五页，2022年，8月28日;向GenBank投递序列;BankIt;Sequin;EMBL主页;DDBJ主页;BioSino;DNA结构数据库;RNA序列和核糖体数据库;基因图谱数据库;GDB (人类基因组) GDB代谢数据库 HGVbase [瑞典] (变异,双等位序列) HGMD [英] (变异) hum-molgen (分子遗传) OMIM (遗传,变异) HUGE [日] (未经证实的编码基因) CEPH Genotype [法] (SNP)、p53 [法] HIB [德] (来自UniGene);其他模式生物的基因组数据库;五、蛋白数据库;一级结构 二级结构 三级结构;多级蛋白序列数据库结构;SWISS-PROT;TrEMBL;PIR(1);PIR(2);PROSITE;由 EBI 和瑞士创办 有详细注释的序列，数据来源于实验 与44个数据库相互参照（cross-reference）;酶数据库;PDB (protein data bank) (1);PDB (2);PDB (3);PDB (4);Pfam;Pfam主页 [美];Pfam搜索蛋白域;Pfam搜索结果;蛋白质组学数据库;七、其他数据库;TIGR;比较基因组学数据库;基因表达数据库;HGMD 人类基因突变 Collagen 人类胶原 ALFRED 人口多样性、DNA多态性 KMDB 人类疾病有关的基因突变 日本庆应大学医学院 KMearDB, KMeyeDB, KMheartDB, KMbrainDB, KMcancerDB, … OMIA 动物 Atlas [法] 肿瘤,血液,细胞;代谢途径和细胞调控数据库;农牧林相关数据库;生物医学文献数据库;其他数据库;Taxonomy主页;Taxonomy搜索结果;Taxonomy搜索结果（单个物种）;序列相似性查询软件---BLAST;生物序列的相似性;同源性(homology)： 指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列具而共同祖先的结论，属于质的判断。就是说A和B的关系上，只有是同源序列，或者非同源序列两种关系。而说A和B的同源性为80％都是不科学的。;相似性和同源性关系;序列相似性比较和序列同源性分析;BLAST简介;Blast 是一个序列相似性搜索的程序包，其中??含了很多个独立的程序，这些程序是根据查询的对象和数据库的不同来定义的。 如果查询的序列为核酸，查询数据库亦为核酸序列数据库，那么就应该选择blastn程序。 如果查询的序列为蛋白质，查询数据库亦为蛋白质序列数据库，那么就应该选择blastp程序。;Blast资源;Blast结果给出的信息;两种版本的Blast比较;本地WEB版的BLAST;Blast程序评价序列相似性的两个数据;网络BLAST使用流程;;序列范围 （默认全部）;一些过滤选项，包括简单重复序列，人类基因组中的重复序列等;;比对结果;第八十七页，共一百一十五页，2022年，8月28日;比对得分;相似程度最高的序列;BLAST 流程;单机版 BLAST软件包使用说明;为什么使用单机版BLAST？;BLAST程序的下载： 根据系统选择程序版本;BLAST程序的安装： 解压后自动生成3个文件夹：bin，data，doc;BLAST的使用： 1. 打开MS-DOS窗口 2. 进入BLAST软件包目录;BLAST的使用： 把将要比对的序列（query）文件和数据库文件copy到/bin文件夹中 序列文件可以是单个序列也可以是多个序列；序列格式使用fasta格式 序列文件说明： prothe.txt: Clostridium thermocellum基因组蛋白质序列 genthe.txt: Clostridium thermocellum基因组核酸序列 p825.txt: 未知基因的蛋白质序列 n825.txt: 位置基因的核酸序列 GHpro.txt: 多个糖苷水解酶的蛋白质序列;BLAST的使用： 1. 格式化数据库文件 formatdb.exe ;BLAST的使用： 2. 程序bla