复旦微生物学课件13-微生物分类.pptVIP

碱性磷酸酶处理：去掉pi * * 4-甲基伞形酮基-β-D-吡喃半乳糖苷 英文名称：4-methylumbelliferyl-β-D-galactopyranoside * RFU：相对荧光单位(Relative Fluorescence Unit) * 除了16s以外，还要进行其他分析； 分类的目的是便于交流：仅有16s，没有其他分类特点，不便于交流，必须有描述性的特征。 是不是所有的实验都要做？ G染：全基因知道以后，不用G染 * * * * * 张 钢铁 链霉菌有很多，产生抗生素，分离的人很多，产权问题—描述性的区别，结果产生很多链霉菌。 规定：符合确定种的条件，2国保存。文章要提交到IJSB杂志确认才有效。 * Notification list 通知单 Validation List 验证表 * 经度纬度的概念是人为规定的，为了便于交流。 以前的规则：没有分离的微生物不能给命名。但是可以通过提供一些信息（如上），列为候选，可以被公认。 * 厌氧氨氧化的2个新种：富集培养后16sRNA与其他已知菌种的差异情况，原位杂交后电镜观察可见其形状、大小等信息。 * 动物植物--- 加原生生物（单细胞、无核类）---原始生物界、菌界---真菌界、原始生物界、原核生物届---病毒界（王大耜）-----现在 三域+ 病毒域 * * 当时是rRNA，不是DNA，因为当时测序还不容易（没有PCR，测序仪器）；是不同酶打断rRNA片段来比较同源性；不是测序。 病毒因为没有rRNA等，所以不再三域中。 真核里还分为很多界。真核生物不是真核微生物 * 三域解释进化谱系：植物中叶绿体基因序列与蓝细菌的16srRNA核糖体序列类似 线粒体与变形菌门的16srRNA核糖体序列类似 真核生物位于泉古生菌类和广古生菌之间，离泉古生菌更近。 猜测：泉古生菌吸收了一些细菌，进化成真核生物 * 细菌已近接近100个门，被分类体系认可的近30个门。衣原体也是细菌。 * * * 古生菌不都是极端环境中的，海水中也有，全基因组分析后发现区别于泉古生菌和广古生菌，定位奇古生菌门 基于16S rRNA基因的系统发育关系,古菌域(Archaea)被分为两个主要类群:广古菌门(Euryarchaeota)和泉古菌门(Crenarchaeota).近20年来,微生物分子生态学技术的快速发展和应用显示,在中温环境中广泛存在着大量的未培养古菌,而且它们可能在自然界重要元素(N、C)的生物地球化学循环中发挥着重要作用.最初,这些未培养古菌因在16S rRNA基因系统发育上与泉古菌关系较密切而被称作中温泉古菌(non-thermophilic Crenarchaeota).而近年来,对更多新发现的中温古菌核糖体RNA基因序列和其它分子标记物进行的分析均不支持中温泉古菌由嗜热泉古菌进化而来的假设,而揭示其可能代表古菌域中一个独立的系统发育分支.基因组学、生理生态特征等分析也显示中温泉古菌与泉古菌具有明显不同的特征.因而专家建议将这些古菌(中温泉古菌)划分为一个新的门,成为古菌域的第三个主要类群一Thaumarchaeota(意译为奇古菌门).这一新古菌门提出后得到其他研究证据的支持和认可.本文对目前已知的奇古菌门的分类地位演化、基因组学、多样性和生理代谢特征等作一简要综述. 微生物学报 2012年52卷04期 411-421页张丽梅(中国科学院生态环境研究中心,城市与区域生态国家重点实验室,北京100085);贺纪正(中国科学院生态环境研究中心,城市与区域生态国家重点实验室,北京100085); * * 鉴定手册强调：怎样确定我知道的菌哪个菌接近。系统基于核酸比较，强调核酸-遗传的系统发育。 * :1：古生菌、一般细菌差异较大的菌和光合细菌 4：微生物量少的菌 * 棒状杆菌、假单胞菌、大肠杆菌等等有不同的流程（与指标有关），别人很难对分离的菌鉴定。 * 做比较多指标的分析：碳源、氮源、酶等等。但是选择的项目仍有主观性。 API系统：碳源，产酸，有无某些酶 Biolog：看碳源，数据量更多 * GC比小于5%的菌株，必须通过DNA-DNA杂交来鉴定是否同一个种： 分别提取待鉴定和比较的菌株DNA，打碎后杂交，看杂交结果：相似度高，杂交多： 1）杂交相似度小于70%，确定为不同一个种 2）杂交相似度大于70%，确定为同一个种 * 芽孢杆菌种类比较多，所以要一一杂交，费劲 * 能否找到目标基因（如ｈｏｕｓｅｋｉｎｇ　ｇｅｎｅ）代替全基因组来杂交。 保守区保守，　长度１５００ｎｔ，可以双向测序完成。 太保守，不能区分属种；变化太大，不能定目 * 太保守，不能区分属种；变化太大，不能定目 * * 全基因ＤＮＡ－DNA杂交才是微生物定种的依据，所以要找二者相关