《生物信息学》课程教学大纲.docVIP

生物信息学课程教学大纲 （Bioinformatics） 学 时 数：32 其中：实验学时：10 课外学时：0 学分数：2 适用专业：园艺专业 一、课程的性质、目的和任务 生物信息学是计算机科学结合分子生物学以阐明生物大分子的结构及功能的一门新兴交叉学科，要求学生具有系统的生物学知识同时能够融合数学、物理及计算机科学的学科知识和应用能力，分析生物机体的现象和了解生物体系分子运动的内在规律。本课程作为生物技术专业本科生的重要专业基础课，引导学生对繁杂的生物分子信息及其相互作用进行系统的科学推理，开发其创新思维，为21世纪分子生物学时代做出应有的贡献。 二、课程教学的基本要求 （一）.了解生物信息学的内涵及应用范畴。 （二）.掌握基因组分析的生物信息学工具，包括计算机数据库及编程技术，了解顺序分析的算法理论，能够对复杂的分子生物学问题进行深入的理解。 （三）.结合课程特点开设了实验课，要求学生掌握基本的生物大分子顺序数据库的建立及维护技术，掌握多种分析软件用于DNA/蛋白质顺序的比较分析，及对基因组、蛋白质组进行分析。 三、课程的教学内容、重点和难点 第一章 绪论 一、生物信息学的历史 二、生物信息学的应用 三、生物信息学与其他学科的关系 第二章 生物数据库介绍 一、序列数据库 二、基因组数据库 三、结构数据库 四、功能数据库 五、其他数据库资源 重点：核酸蛋白序列数据库，基因组、结构数据库，功能数据库 难点：结构数据库，功能数据库 第三章 序列比对 一、概述 二、序列比对的得分系统 三、两条序列比对方法 四、多条序列比对方法 重点：序列比对打分系统，两条序列比对、序列比对方法 难点：动态规划算法，多序列比对算法 第四章 生物信息学常用概率统计学方法简介 一、概述 二、序列对位显著性检验 三、贝叶斯统计在序列对位中的应用 重点：序列比对显著性检验，贝叶斯统计分析 难点：贝叶斯统计方法及其应用 第五章 数据库检索 一、数据库检索 二、数据库搜索相似序列 三、序列提交 重点：Entrez, SRS检索系统，Blast、FASTA算法 难点：Blast数据库相似性检索 第六章 分子系统发育分析 一、系统发育与系统发育树 二、距离法 三、最大简约法 四、极大似然法 重点：距离法，最大简约法构建分子系统发育树 难点：极大似然法 第七章 基因组学与基因预测 一、引言 二、基因组测序技术及序列组装 三、功能基因组学 四、比较基因组学 重点：序列组装，基因识别，比较基因组学 难点：功能基因组学 第八章 蛋白质结构与功能预测 一、蛋白质结构简介 二、蛋白质三维结构分类及蛋白质家族 三、三维结构比对 四、蛋白质基本性质预测 五、蛋白质二级结构预测 六、蛋白质高级技工预测 七、蛋白质互作分析 八、药物发现与设计 重点：蛋白质家族，三维结构比对，蛋白质结构预测 难点：蛋白质相互作用预测，药物设计 第九章 转录组与蛋白质组分析 一、转录组与基因芯片简介 二、基因芯片数据采集与分析 三、蛋白质组简介 四、双向凝胶电泳数据分析 五、蛋白质质谱数据分析 重点：基因芯片分析，蛋白质组分析 难点：芯片分析，蛋白质质谱分析 第十章 Perl语言在生物信息学中的应用 一、Perl简介 二、数据结构和程序控制 三、编写生物信息学应用程序 四、BioPerl应用 重点：Perl模块化编程技术，正则表达式 难点：Bioperl编程 四、课程各教学环节要求 （一）本课程开设了10个学时的实验课程(参考本课程实验大纲)，要求学生能够掌握一些常用的生物信息学分析工具和技术。 （二）实验所需设备条件：连接Internet的服务器主机1台及终端个人计算机若干台。 五、学时分配 教学内容 各教学环节学时分配 作业 题量 备 注 章节 主要内容 讲授 实验 讨论 习题 课外 其它 小计 1 绪论 1 2 3 2 生物数据库介绍 2 2 4 3 序列比对 4 2 6 4 生物信息学常用概率统计学方法简介 2 2 5 数据库搜索 2 2 4 6 分子系统发育分析 2 2 4 7 基因组学与基因预测 2 2 8 蛋白质结构与功能预测 2 2 9 转录组与蛋白质组分析 3 3 10 Perl语言在生物信息学中的应用 2 2 合计 22 10 32 六、课程与其它课程的联系 本课程与分子生物学、遗传学、计算机科学以及数学、物理学等课程有酶切的联系，要求学生有较好的基础课理论知识和实践应用能力，能够结合所学的理论解决分子生物学研究中生物大分子表达调控的复杂问题。 七、教材与教学参考书 （一）教材 陶士珩. 生物信息学. 北京：科学出版社，2007. （二）教学参考书 [1］Mount DW. Bioinformatics. 美国：美国冷泉港实验