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火炬松加倍松系种质性状ql定位分析 遗传图是指通过遗传重组分析获得的基因或独特多态遗传标记的线性排列图。 在松树育种中，不仅需要对生长和材性等主要经济性状的遗传控制进行深入的了解，也需要对一些形质性状的遗传控制进行了解。火炬松和加勒比松多数形质性状为数量性状，但是控制它们的基因和基因位点目前还不是非常清楚 1 材料和方法 1.1 优良无性系发展林 以火炬松1.5代种子园优良单株T1为母本，加勒比松第一代种子园优良无性系C1为父本进行人工杂交。将杂交种子播种育苗，营造试验林。作图群体为火炬松（Pinus taeda）和加勒比松（Pinus caribaea）的杂交F 1.2 方法 1.2.1 取出松针剂中的总dna 从上述杂交F 1.2.2 sr索引 245对试验用于扩增反应的SSR引物均来自Zhou等 1.2.3 基于lod3.0的异交群体编码系统的基于互联网的编码系统 使用作图软件Join Map?3.0，所有标记均按照JoinMap?3.0关于异交群体的5类编码系统统一编码，建立独立的数据文件，以LOD≥3, Kosambi作图函数进行连锁分析 1.2.4 年春梢各枝体节角度测量 造林第3年的年抽梢次数：林木一年中的抽梢次数。 造林第3年的春梢分枝平均角度：测量3个春梢分枝的角度，取均值。 造林第3年的平均针叶长：在春梢中，距枝条基部20 cm处随机取5个针叶束，测量长度，取均值。 1.2.5 qtl分析 采用作图软件Map QTL?4.0进行各性状QTL定位 1.2.6 火炬松基因组的标记和标记 图谱中的SSR标记与NCBI数据库中（/genome/11027）火炬松基因组已有的标记对比，确定其所在的染色体。 2 结果与分析 2.1 ssr引物筛选 以群体中数量性状极端表型各8个单株，对245对SSR引物进行筛选。扩增结果表明，有29对引物扩增片段清晰，具有多态性，多态性比例为11.84%。 2.2 大重组率的分子 用29对多态性引物对群体进行PCR扩增，得到母本35个多态性标记，父本41个多态性标记。采用JoinMap?3.0软件构建遗传图谱，在排除缺失数据的单株，最小LOD值为3.0，最大重组率 (Recombination value) 为0.40，得到父本6个连锁群，母本5个连锁群，但有父本22个标记及母本23个标记没有定位到任何连锁群上。 所构建的火炬松母本遗传图谱共包含19个SSR标记，总长度293.9 c M，标记间距范围为3.7～47.9c M，标记平均间距15.5 c M，最短的连锁群仅有2个标记（图1）。加勒比松父本遗传图谱包含18个SSR标记，总长度245.5 c M，标记间距范围为6.8～49.8 cM，标记平均间距13.6 cM，最短的连锁群仅构建仅有2个标记，遗传距离为19.7 cM（图2）。 2.3 群体pt1和间作的检验 在Kruskal–Wallis检验和区间作图中，显著水平都高于0.05的年抽梢次数QTL位点只有1个，分布在连锁群体PT1中（表1）。在平均分枝角度与分子标记的连锁中，Kruskal–Wallis检验和区间作图中显著水平都高于0.05的QTL位点也只有1个，位于连锁群体PT4中（表2）。在分子标记与平均针叶长度QTL的连锁中，检测到Kruskal–Wallis检验和区间作图中显著水平都高于0.05的QTL位点有2个，分布在连锁群体PC3和PC6中。 2.4 火炬松基因组标记结果 利用单标记做图法和区间作图法共检测到4个与生长形质性状相关的QTLs。其中，2个位于母本火炬松T1遗传图谱连锁群上，2个位于父本加勒比松C1遗传图谱连锁群上（表4）。图谱中的SSR标记与NCBI数据库中（/genome/11027）火炬松基因组已有的标记对比，确定其所在的染色体。 年抽梢次数L：检测到1个QTL，定位在母本的PT1连锁群上，位于染色体LG4，标记PtTX3116-2～PtTX3117之间，解释表型变异的12.7%。 平均分枝角度AVBRA：检测到1个QTL，定位在母本的PT4连锁群上，位于染色体LG4，标记PtTX4147-3～PtTX3021之间，解释表型变异的8.6%。 平均针叶长AVPNL：检测到2个QTL，其中一个定位在父本PC3连锁群上，标记PtTX2034～PtTX3024之间，解释表型的10.9%。另一个定位于父本PC6连锁群上，标记PtTX4092～PtTX3052之间，解释表型的13.6%。 3 遗传图谱定位的标记 分子标记检测效率的差异，可能与标记类型有关，也与分析软件有关。在一些研究报道中，SSR标记是比较适宜开展松树QTL定位的 标记数量的多少、标记在图谱上定位的准确性以及标记在图谱上分布的均匀程度等都会影响遗传图谱的应用 虽然本研究图谱的遗传标记较少，但