蛋白折叠及折叠中间体的研究.pptVIP

抹香鲸肌红蛋白的水化 水化位置（蓝，实验），水化数密度最大值（黄，MD 模拟） * 当前第30页\共有57页\编于星期三\15点 肌红蛋白周围溶剂数的 3D 密度分布，由 MD 轨迹切片计算得到。 溶剂密度由肌红蛋白的平均结构覆盖。 等密度线：0.005（蓝），0.01（绿），0.02（黄），0.035（红） （a）由模拟结果得到 （b）由模型预测 * 当前第31页\共有57页\编于星期三\15点 由 MD 模拟得到的 DNA 周围的溶剂化密度。 最大值（实线）和最小值（虚线） 黄点为 X 射线分析结果。二者符合良好。 * 当前第32页\共有57页\编于星期三\15点 生物膜与双分子脂质层 最近 10 年，计算机模拟已经深入到能够认识生物膜性质的水平，包括 DNA 与脂质体的相互作用、形成微孔的跨膜肽对脂质体环境的影响、以及挥发性麻醉分子的分配等。 这些模拟中，所有的原子都是受限在小于10 nm 的空间内，这个模型搭起了全原子细节与介观区域之间的桥梁。 以磷脂体中的麻醉剂分子为例进行了研究。 DNA 与脂质体混合物作为重要的生物物质，是因为它们是基因的携带者。 * 当前第33页\共有57页\编于星期三\15点 MD 模拟 5.5 ns 后 DMPC（中性脂质体）/ DMTAP（阳离子脂质体）与 DNA 的联合体构型。（a） 垂直于 DNA 轴 （b）平行于 DNA 轴 。 DNA 和 脂质体的“头” P、N 用球表示， “尾（疏水链）”用棍表示。 各原子的颜色：N, 蓝色；O, 红色；P, 黄色; C（DNA）, 灰色；C （脂质体）, 绿色；H, 暗灰色。 * 当前第34页\共有57页\编于星期三\15点 形成微孔的跨膜肽对脂质体环境的影响。 5_M2-DMPC 的构型。 MD 模拟 2 ns 后。 脂质体分子用球和棍表示。头端的 N 和 P 原子用蓝色和黄色的球表示。 各原子的颜色：M2 螺旋的 N, 蓝色；O, 红色；C, 灰色；S, 黄色。 * 当前第35页\共有57页\编于星期三\15点 两种麻醉剂分子进入双磷脂层的分配情况。 MD 模拟 2 ns 后的构型。 水分子和 SDPC 用球棍模型表示，脂质体中的 N 和 P 原子表示为蓝色和绿色的球。F, 黄色；Cl, 亮绿色；Br, 暗绿色；H, 灰色。 * 当前第36页\共有57页\编于星期三\15点 离子通道 离子通道允许无机金属离子选择性地穿过膜脂质层。 通过基于原子模型和外部溶剂与膜脂质体之间的微观相互作用的 MD 模拟，使我们得以窥探到这类复杂体系的内部过程，允许人们在微观水平上观察离子的渗入（透过）。 在过去的近十年中，随着计算方法的改进，短杆菌肽 A 离子通道的模拟研究从较简单的仅含有蛋白质和少数水分子的模型过渡到复杂的含有大的生物分子和脂质体的体系。现在，用真实的原子模型来模拟一些重要的生物通道几乎是比较常规的工作，如： Escherichia coli porin 的OmpF porin, 机械敏感通道 MscL, Streptomyces lividans 的 KcsA K+ 通道。 * 当前第37页\共有57页\编于星期三\15点 MD 模拟中的被 2 个 Na＋ 离子占据的短杆菌肽 A 通道 * 当前第38页\共有57页\编于星期三\15点 短杆菌肽 A 通道在 50 皮秒时间间隔内沿 MD 轨迹的 5 个构形的叠合图 * 当前第39页\共有57页\编于星期三\15点 3 几种常用的预测方法 Ab initio 预测 不依赖已知结构的同源相似物信息，直接预测一个序列对应的蛋白质三级结构（3D 构象） 线段模型（Threading） 通过研究同已知线段序列的吻合度得到结构信息 同源性（Homology）建模 根据序列同源性分析、调整已知结构进行结构预测 * 当前第40页\共有57页\编于星期三\15点 * * 提 纲 开展本项研究的意义 当前相关研究综述 几种常用的预测方法 我们的研究兴趣与思路 虚拟实验室 * 当前第1页\共有57页\编于星期三\15点 1 研究概述 蛋白质是生命的重要分子，几乎在所有的生物学过程中都扮演着重要的角色。 因此，关于其结构与功能方面的研究一直是人们关注的焦点。 蛋白质生物功能的关键在于其空间构象，一个伸展开来或随机排布的肽链是没有生物活性的。 虽然 X 射线晶体学和 NMR 技术是蛋白质结构测定的有效手段，但却远远跟不上飞速发展的 DNA 测序，它使得蛋白质氨基酸序列的信息以爆炸的方式增长，由此迫切需要直接由蛋白质的氨基酸序列出发进行高级结构的预测。 目前，对一定氨基酸序列的多肽链折叠形成特定空间结构蛋白质的机制了解甚少。 虽然已经发展了多种经验和理论的计算方法预测蛋白质结构