转录组测序技术原理及应用2.pptVIP

Transcriptome resequencing信息分析流程 当前第31页\共有52页\编于星期四\12点 应用---优化转录组注释信息 基因结构优化 可变剪接鉴定 基因融合鉴定 RNA水平SNP分析 当前第32页\共有52页\编于星期四\12点 Genomic intergenic region Reads cluster Paired Reads distribution 优化基因结构鉴定新的转录本 Paired-End (PE) Reads Reads 比对到参考序列基因间区域 当前第33页\共有52页\编于星期四\12点 鉴定可变剪接（ Alternative Splicing ） exon1 exon2 exon3 exon1 exon2 exon3 exon1 exon3 common reads junction reads mRNA 当前第34页\共有52页\编于星期四\12点 鉴定基因融合 Paired Reads Single Reads Gene A Gene B 当前第35页\共有52页\编于星期四\12点 分析RNA水平SNP 转录组重测序比对软件：SOAP De novo 转录组测序: 组装软件：SoapDenovo 比对软件： SoapSNP 当前第36页\共有52页\编于星期四\12点 * 转录组研究技术横向比较 Technology Tiling Array cDNA or EST sequesing Transcriptome Sequencing Principle Hybridization Sanger sequencing Next-Gen sequencing Resolution From several to 100 Single base Single base Throughput High Low High Reliance on genomic sequence Yes No In some cases Background noise High Low Low Application Simutaneously map transcribed regions and gene expression Yes Limited for expression Yes Dynamic range to quantify gene expression level Up to a few-hundred fold Not practical 8,000-fold Ability to distinguish different isoforms and allelic expression Limited Yes Yes 当前第37页\共有52页\编于星期四\12点 转录组测序的优势 RNA测序与芯片检测基因数比较 RNA测序与芯片 检测基因的表达量分布 Technique 1 当前第38页\共有52页\编于星期四\12点 Genome Res 2010 Case 实验材料收集： 叶片，花序, 果实, 根 时间点：0 , 4, 8, 12, 16, 20和 24 h 将每个时间点采集的样品均匀混合 测序策略： Illumina 测序，1G data 当前第39页\共有52页\编于星期四\12点 1. High light 2.Heat 3. Cold 4. Salt 5.Drought 抗逆相关可变剪接 当前第40页\共有52页\编于星期四\12点 外包膜蛋白16 (AT2G28900) Intron-retention Control Low Temperature Resistance 低温胁迫相关的AS 低温胁迫下这个内含子和对照相比被保留了下来，揭示了可变剪接有重要功能。 当前第41页\共有52页\编于星期四\12点 AS调节机制 CCA1 生物钟相关基因，例如调节气孔的开关等 当前第42页\共有52页\编于星期四\12点 RNA-Seq单端测序 （Quantification） 等同于数字表达谱(DGE) 当前第43页\共有52页\编于星期四\12点 Workflow of RNA-Seq单端测序（Quantification） 生物信息学分析 当前第44页\共有52页\编于星期四\12点 RNA-Seq单端测序（Quantification） 生物信息分析内容 测序数据评估 筛选差异表达基因 表达模式聚类分析 GO 功能富集分析 Pathway 富集分析 蛋白互作网络分析 当前第45页\共有52页\编于星期四\12点 RNA