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瘤胃微生物多样性和功能的研究进展 反刍动物的肿瘤胃为微生物提供了良好的生活环境（温度38.5.42，ph，氧化还原水位250-450v）。成年牛瘤胃中栖息的微生物包括细菌 (超过200种, 活菌数高达1011个/mL) 、原虫 (超过25属, 其数量为104～106个/mL) 、真菌 (5个属, 真菌孢子103～105个/mL) 和古菌 (Janssen等, 2008) , 噬菌体颗粒数可达107～109个/mL。以细胞数量计, 瘤胃微生物数量约为反刍动物自身细胞数目的10倍。瘤胃微生物是反刍动物必不可少而独特的组成部分, 是迄今为止已知的、降解转化植物纤维素类物质效率最高的天然体系, 它依赖瘤胃微生物群体的协同作用, 将天然纤维类物质快速降解转化成一系列动物营养和能源物质。 传统的瘤胃微生物研究是通过纯培养获得菌株后, 才能对其特性进行描述。然而, 瘤胃微生物生长要求复杂的营养因子和严格的厌氧环境, 这使得约有80%的细菌无法培养 (McSweeney等, 2007) 。由于纯培养是研究瘤胃微生物表型特征、细胞的性质的前提, 因此这一限制使得瘤胃微生物特征很难被具体描述。此外, 传统分析方法为微生物进化关系的研究提供的信息很有限, 而微生物进化研究的匮乏导致难以对微生物进行精确分类。现在, 试验生物学和生物信息学的发展, 可以对以下问题开展系统的研究:瘤胃微生物的多样性, 瘤胃微生物的基因组信息, 瘤胃微生物群落的适应性及这些微生物对宿主健康和生产性能的促进作用。作者从2008-2009年间在ADSA-ASAS年会和CNKI、PubMed等数据库中共筛选了与瘤胃微生物分子多态性和基因组学/元基因组学相关的42篇文献, 主要内容分为瘤胃微生物多样性及其动态变化、复杂碳水化合物降解、甲烷代谢与不饱和脂肪酸氢化等, 现将其内容综述如下。 1 肿瘤胃微生物的多样性、分布和动态变化 1.1 瘤胃和盲肠微生物群落的动态变化 增进对瘤胃微生物种属多样性和种群密度的了解是改善瘤胃发酵功能的前提。分析表明, 瘤胃微生物群落结构受到宿主遗传背景、健康和日粮等因素的影响, 并且表现出地域、季节和饲喂方式之间的区别 (刘开朗等, 2009) 。与此同时, 不同种属的微生物在瘤胃内占据不同的生态位, 其组成与种群密度随饲喂呈现出动态变化的特点。Li等 (2009)利用非培养方法, 分析采样时间与位点对牛瘤胃细菌群落结构、种群及发酵参数的影响。PCR-DGGE分析结果表明, 来自不同位点和取样时间的瘤胃样品中微生物组成基本类似, 多样性指数相似性分别达到95.4%和93.4%, 但是不同个体之间差异较大, 相似性仅为85.5%。这些结果表明, 与采样位点和时间相比, 个体差异对瘤胃微生物多样性分析结果的影响更大。Welkie等 (2009)利用自动核糖体间隔基因分析 (automated ribosomal intergenic spacer analysis, ARISA) 分析了饲喂周期对瘤胃发酵参数和微生物群落组成的影响。结果饲喂相同日粮的牛只在微生物群落组成上存在较大的差异, 但在饲喂周期内液相微生物群落结构比固相微生物群落更加稳定。Michelland等 (2009)利用单链构象多态性 (single-stranded conformation polymorphism, SSCP) 方法分析了牛消化道中细菌群落在空间与时间上的多样性及与肠道环境参数相关性, 结果证实, 瘤胃、网胃与盲肠微生物群落都呈现出动态变化的特点。Lodge-Ivey等 (2009)分析了经口采样和经瘘管采样对瘤胃细菌多样性和发酵产物分析结果的影响。DGGE分析结果表明, 2种采样方法获得的瘤胃细菌多样性水平无差异 (P=0.73) , 牛个体和遗传背景差异对DGGE图谱的影响大于采样方法。经口采样和经瘘管采样样品的挥发性脂肪酸含量和组成也不存在差异 (P0.40) 。该研究结果表明, 经口采样能够获得与经瘤胃瘘管采样类似的瘤胃样品, 从而有效降低维持安装瘘管试验动物的成本。 DNA是瘤胃微生物分子生态学研究的常用模板。与DNA相比, RNA能够更加准确地反映出具有活性的微生物种群。但是, 由于RNA容易降解, 而且提取过程中难以去除酚类等物质, 导致反转录效率降低, 阻碍了以RNA为模板的微生物多样性分析。Kang等 (2009)首次建立了适用于微生物多样性分析的瘤胃微生物样品中RNA提取、反转录与16S rDNA文库构建方法, 结果发现, 在以RNA构建的16S rDNA文库中,Proteobacteria相关序列占到总量的30%, 远远高于以DNA为模板的分析结果, 表明Proteobacteria可能在瘤胃代谢中占有重要的地位。与此类似的是, Béra-Mai