肽抑制剂稳定淀粉样蛋白构象的分子机理研究的中期报告.docxVIP

肽抑制剂稳定淀粉样蛋白构象的分子机理研究的中期报告 本研究的目的是探究肽抑制剂（peptide inhibitors）如何稳定淀粉样蛋白构象。淀粉样蛋白是一种常见的蛋白质异常聚集疾病的原因之一，如老年斑、阿尔茨海默病等。研究表明，一些肽抑制剂可以有效地抑制淀粉样蛋白的异常聚集，从而减少疾病的发生。 本中期报告主要介绍了分子动力学模拟的结果。我们选取了一种常见的淀粉样蛋白，进行模拟研究，探究肽抑制剂如何稳定其构象。具体来说，我们采用GROMACS软件，利用AMBER99sb-ildn力场对淀粉样蛋白的结构进行优化，并将模拟系统放入周期性边界条件模拟箱中。 我们设计了三组模拟实验：1）仅淀粉样蛋白；2）淀粉样蛋白和肽抑制剂同时存在；3）先让淀粉样蛋白形成异常聚集态，再加入肽抑制剂进行稳定。每组实验模拟时间为200 ns。 我们进行了多项分析：1）淀粉样蛋白的RMSD和RMSF，用于评估蛋白质在模拟过程中的稳定性和动态变化；2）肽抑制剂与淀粉样蛋白的接触距离、作用时间，用于评估抑制剂与蛋白质的相互作用；3）聚集态淀粉样蛋白的SASA，用于评估抑制剂的稳定性和其在减少蛋白质异常聚集方面的效果。 目前得到的初步结果表明，肽抑制剂可以显著地影响淀粉样蛋白的构象和稳定性。肽抑制剂与蛋白质的接触距离和作用时间较长。在聚集态淀粉样蛋白中加入抑制剂后，SASA值显著降低，说明抑制剂可以减少蛋白质的异常聚集。我们将继续进行模拟，并进行更加深入的分子机理研究，以期能够揭示肽抑制剂稳定淀粉样蛋白构象的分子机制。